gtsummary 中的配对 wilcoxon 测试，用于每个受试者的多个观察结果

Question

我正在尝试比较来自 4 期交叉生物等效性研究的两个配对样本。我的目标变量是 TMAX （但它可能是适合此测试的任何其他变量）。当我仅保留两个周期的数据时，我的代码没有问题，但代码在 4 个周期内不起作用并返回错误。

这就是我的数据组织方式，省略了周期变量

tmax <- data.frame(Subject = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5), 
      Treatment = c("T", "R", "T", "R", "R", "T", "R", "T", "T", "R", "T", "R", "R", "T", "R", "T"), 
      TMAX = c(1.333, 1.667, 0.667, 1.667, 2, 0.667, 2, 2, 1, 1, 2, 1, 0.667, 1, 2, 1))

我尝试使用此代码（tmax 是 df 名称）

tmax |> 
  tbl_summary(
    by = Treatment,
    include = -Subject,
    missing = 'no',
    type = list(TMAX ~ "continuous")
  ) |> 
  add_p(
    test = list(all_continuous() ~ "paired.wilcox.test"
    ),
    group = Subject, pvalue_fun = ~ style_pvalue(.x, digits = 3))

lapply(text, glue_cmd, .envir = .envir)

中的错误： ！无法计算 cli

{}

表达式：

summary_fun

。 由

eval(expr, envir = envir)

中的错误引起： ！找不到对象“summary_fun”

如何解决这个问题？

Answer 1

您的数据似乎不适合单配对 Wilcoxon 测试。该测试期望每个受试者有 2 个观察结果，而不是 4 个。

关于您遇到的奇怪错误：gtsummary 包尝试捕获计算 p 值时返回的任何错误，并向您发送有关这些错误的消息，以便您可以解决根本问题。在 gtsummary v2.0 中，我们更新了消息传递以使用 {cli} 包。默认情况下，cli 中的错误消息字符串使用glue 来评估大括号中的任何内容。碰巧您的错误/警告包含大括号，并且 cli 试图评估不存在的对象。因此出现难以理解的错误消息。我们将在下一个版本中更新此内容。

仅供参考，我们在后台使用此功能来计算您的配对测试，您可以更清楚地看到错误消息。

tmax <- data.frame(Subject = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5), 
                   Treatment = c("T", "R", "T", "R", "R", "T", "R", "T", "T", "R", "T", "R", "R", "T", "R", "T"), 
                   TMAX = c(1.333, 1.667, 0.667, 1.667, 2, 0.667, 2, 2, 1, 1, 2, 1, 0.667, 1, 2, 1))

cardx::ard_stats_paired_wilcox_test(
  data = tmax,
  variable = "TMAX",
  by = "Treatment",
  id = "Subject"
)
#> {cards} data frame: 12 x 9
#>       group1 variable   stat_name stat_label  stat   warning     error
#> 1  Treatment     TMAX   statistic  X-square…       Values f… 'x' must…
#> 2  Treatment     TMAX     p.value    p-value       Values f… 'x' must…
#> 3  Treatment     TMAX      method     method       Values f… 'x' must…
#> 4  Treatment     TMAX alternative  alternat…       Values f… 'x' must…
#> 5  Treatment     TMAX          mu         mu     0 Values f… 'x' must…
#> 6  Treatment     TMAX      paired  Paired t…  TRUE Values f… 'x' must…
#> 7  Treatment     TMAX       exact      exact       Values f… 'x' must…
#> 8  Treatment     TMAX     correct    correct  TRUE Values f… 'x' must…
#> 9  Treatment     TMAX    conf.int   conf.int FALSE Values f… 'x' must…
#> 10 Treatment     TMAX  conf.level  CI Confi…  0.95 Values f… 'x' must…
#> 11 Treatment     TMAX    tol.root   tol.root     0 Values f… 'x' must…
#> 12 Treatment     TMAX digits.rank  digits.r…   Inf Values f… 'x' must…
#> ℹ 2 more variables: context, fmt_fn

^{创建于 2024-08-30，使用 reprex v2.1.1}