使用R对Sankey/Alluvial图中的一些变量进行美化和排序

Question

我正在努力提高我在数据可视化方面的技能，而且我几乎得到了我想要的。但在某个时刻，我陷入了困境，无法继续前进。请注意，伙计们，我在这里做了广泛的研究，试图找到我的疑虑，这对我有很大帮助。

这是我的数据集：

https://app.box.com/s/pp5p5chgypn6ba33anotie7wlxvdu01v

这是我的代码：

library(tidyverse)
library(ggalluvial)
library(alluvial)

A_col <- "firebrick3"
B_col <- "darkorange"
C_col <- "aquamarine2"
D_col <- "dodgerblue2"
E_col <- "darkviolet"
F_col <- "chartreuse2"
G_col <- "goldenrod1"
H_col <- "gray73"
set.seed(39)

ggplot(df,
       aes(y = Time, axis1 = Activity, axis2 = Category, axis3 = Positions)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Positions, color = Positions), 
        width = 4/12, alpha = 0.5, knot.pos = 0.3) +
  geom_stratum(width = 4/12, color = "grey36") +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  scale_x_continuous(breaks = 1:3, 
       labels = c("Activity", "Category", "Positions/Movements"), expand = c(.01, .05)) +
  ylab("Time 24 hours") +
  scale_fill_manual(values  = c(A_col, B_col, C_col, D_col, E_col, F_col, G_col, H_col)) +
  scale_color_manual(values = c(A_col, B_col, C_col, D_col, E_col, F_col, G_col, H_col)) +
  ggtitle("Physical Activity during the week and weekend") +
  theme_minimal() +
  theme(legend.position = "none", panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), 
        axis.text.x = element_text(size = 12, face = "bold"))

# I also have this code that I run without pre-choosing the colours.
# I like this one because the flow diagram doesn't have any border.

ggplot(df,
       aes(y = Time, axis1 = Activity, axis2 = Category, axis3 = Positions)) +
  scale_x_discrete(limits = c("Activity", "Category", "Positions/Moviments"), 
       expand = c(.01, .05)) +
  ylab("Time 24 hours") +
  geom_alluvium(aes(fill = Positions), width = 4/12, alpha = 0.5, knot.pos = 0.3) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  theme_minimal() +
  ggtitle("Physical Activity during the week and weekend") +
  theme(legend.position = "none", panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), 
        axis.text.x = element_text(size = 12, face = "bold"))

这是可视化的：

有三件事我确实做不到：

对
```
Category
```
进行排序，清晰查看一周和周末之后的情况，例如
```
Working
```
、
```
Non Working
```
、
```
Sleep Week
```
、
```
Leisure
```
和
```
Sleep Weekend
```
。
对位置/动作进行排序，例如
```
Sitting
```
、
```
Lying
```
、
```
Standing
```
、
```
Moving
```
、
```
Stairs
```
、
```
Walk Slow
```
、
```
Walk Fast
```
和
```
Running
```
。另外，我想用与流程图相同的颜色填充此列的方块。另一件事是，有些名称没有足够的空间，我不知道是否可以重置空间来容纳它们，或者可以将它们放在外面，用箭头指示属于它们的方块。差点忘了，有没有办法手动为每个变量分配颜色，例如为
```
black
```
分配颜色
```
Walk Slow
```
？另外，如果可能的话，我想去掉流程图边缘的线条。
有没有办法将位置和动作的名称堆叠起来？

有什么方法可以改进这种可视化并使其变得漂亮吗？

预先感谢，路易斯

Answer 1

这是解决您的一些问题的解决方案。

df <- read_csv('Desktop/plot_alluvial_category_position_plus_moviments.csv')
positions <- c("Sitting", "Lying", "Standing", "Moving", "Stairs", "Walk Slow",
               "Walk Fast", "Running")
df$Positions <- factor(df$Positions, levels = positions, labels = positions)
category <- c("Working", "Non Working", "Sleep Week", "Leisure", 
              "Sleep Weekend")
df$Category <- factor(df$Category, levels = category, labels = category)

ggplot(df,
       aes(y = Time, axis1 = Activity, axis2 = Category, axis3 = Positions)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Positions), 
                width = 4/12, alpha = 0.5, knot.pos = 0.3) +
  geom_stratum(width = 4/12, color = "grey36") +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE, min.height=100) +
  scale_x_continuous(breaks = 1:3, 
                     labels = c("Activity", "Category", "Positions\nMovements"), expand = c(.01, .05)) +
  ylab("Time 24 hours") +
  scale_fill_manual(values  = c(A_col, B_col, C_col, D_col, E_col, F_col, G_col, H_col)) +
  scale_color_manual(values = c(A_col, B_col, C_col, D_col, E_col, F_col, G_col, H_col)) +
  ggtitle("Physical activity during the week and weekend") +
  theme_minimal() +
  theme(legend.position = "none", panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), 
        axis.text.x = element_text(size = 12, face = "bold"))

要对分层进行排序，您需要将
```
Category
```
和
```
Position
```
列转换为您设置级别顺序的因素。
要删除流程图的边缘，只需从
```
color = Position
```
级别删除
```
aes
```
即可。
您可以通过在标签中添加换行符来堆叠名称“位置”和“移动”。
您可以将颜色分配给分层，但前提是类别始终相同（查看
```
ggalluvial
```
文档中的一些示例）。
为了避免小层的重叠，您可以使用
```
min.height
```
中的
```
geom_text
```
参数，该参数是在
```
ggalluvial
```
版本
```
0.9.2
```
中引入的，如here所示。

Answer 2

非常有帮助，谢谢您的发帖！我在@Arienrhod 答案中找到了#4 的解决方法（抱歉，由于声誉较低，我不能只发表评论）。您可以创建与数据长度相同的因子，并在 geom_stratum(aes(fill='your.factor'), width = 4/12, color = "grey36") 中按正确的顺序分配各个类别，然后使用 '如上所示的scale_fill_manual()'。虽然很麻烦，但很管用。

Answer 3

我也有类似的问题。我尝试解决它，但没有取得太大成功。我将把我的代码粘贴到这里，看看你是否可以帮助我。

tempo_1 <- as.character(Sankey$Tempo_1)
Sankey$Tempo_1 <- factor(Sankey$Tempo_1, levels = tempo_1, labels = tempo_1)
tempo_2 <- as.character(Sankey$Tempo_2)
Sankey$Tempo_2 <- factor(Sankey$Tempo_2, levels = tempo_2, labels = tempo_2)

ggplot(Sankey, aes(axis1 = Tempo_1, axis2 = Tempo_2, y = Valor)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Tempo_1)) +
  geom_stratum(aes(fill = NULL), color = NA) +
  geom_text(stat = "stratum", aes(label = after_stat(stratum))) +
  theme_minimal() +
  theme(panel.border = element_blank(), legend.position = "none")
  labs(title = "Important Cytokines in time")

图表

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