有什么方法可以让R中散点图中的绘图点更加透明吗？

Question

我有一个 3 列矩阵；绘图由基于第 1 列和第 2 列值的点绘制，但基于第 2 列（6 个不同的组）进行着色。我可以成功绘制所有点，但是，分配了紫色的最后一个绘图组（第 6 组）掩盖了其他组的绘图。有没有办法让情节更加透明？

s <- read.table("/.../parse-output.txt", sep="\t") 
dim(s) 
[1] 67124     3
x <- s[,1] 
y <- s[,2]
z <- s[,3] 
cols <- cut(z, 6, labels = c("pink", "red", "yellow", "blue", "green", "purple"))
plot(x, y, main= "Fragment recruitment plot - FR-HIT", ylab = "Percent identity", xlab = "Base pair position", col = as.character(cols), pch=16) 

Answer 1

否则，您可以在包

alpha

中使用函数

scales

，您可以在其中直接输入颜色向量（即使它们是示例中的因素）：

library(scales)
cols <- cut(z, 6, labels = c("pink", "red", "yellow", "blue", "green", "purple"))
plot(x, y, main= "Fragment recruitment plot - FR-HIT", 
     ylab = "Percent identity", xlab = "Base pair position", 
     col = alpha(cols, 0.4), pch=16) 
# For an alpha of 0.4, i. e. an opacity of 40%.

Answer 2

创建颜色时，您可以使用

rgb

并设置其

alpha

参数：

plot(1:10, col = rgb(red = 1, green = 0, blue = 0, alpha = 0.5),
     pch = 16, cex = 4)
points((1:10) + 0.4, col = rgb(red = 0, green = 0, blue = 1, alpha = 0.5),
       pch = 16, cex = 4)

详情请参阅

?rgb

。

Answer 3

透明度也可以在颜色参数中编码。它只是另外两个十六进制数字，编码介于 0（完全透明）和 255（完全可见）之间的透明度。我曾经编写过这个函数来为颜色矢量添加透明度，也许它在这里有用？

addTrans <- function(color,trans)
{
  # This function adds transparancy to a color.
  # Define transparancy with an integer between 0 and 255
  # 0 being fully transparant and 255 being fully visable
  # Works with either color and trans a vector of equal length,
  # or one of the two of length 1.

  if (length(color)!=length(trans)&!any(c(length(color),length(trans))==1)) stop("Vector lengths not correct")
  if (length(color)==1 & length(trans)>1) color <- rep(color,length(trans))
  if (length(trans)==1 & length(color)>1) trans <- rep(trans,length(color))

  num2hex <- function(x)
  {
    hex <- unlist(strsplit("0123456789ABCDEF",split=""))
    return(paste(hex[(x-x%%16)/16+1],hex[x%%16+1],sep=""))
  }
  rgb <- rbind(col2rgb(color),trans)
  res <- paste("#",apply(apply(rgb,2,num2hex),2,paste,collapse=""),sep="")
  return(res)
}

一些例子：

cols <- sample(c("red","green","pink"),100,TRUE)

# Fully visable:
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=cols,pch=16,cex=4)

# Somewhat transparant:
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=addTrans(cols,200),pch=16,cex=4)

# Very transparant:
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=addTrans(cols,100),pch=16,cex=4)

Answer 4

如果您使用十六进制代码，您可以在代码末尾添加两位数字来表示 Alpha 通道：

例如半透明红色：

plot(1:100, main="Example of Plot With Transparency")
lines(1:100 + sin(1:100*2*pi/(20)), col='#FF000088', lwd=4)
mtext("use `col='#FF000088'` for the lines() function")

Answer 5

如果您决定使用

ggplot2

，您可以使用

alpha

参数设置重叠点的透明度。

例如

library(ggplot2)
ggplot(diamonds, aes(carat, price)) + geom_point(alpha = 1/40)

Answer 6

尝试这个自定义函数

col_r()

，它仅使用

grDevices

中已在基础 R 中可用的函数。

col_r <- function(col, alpha = NA) {
  MAX_COL <- 255
  col_mtx <- t(col2rgb(col))
  
  if (is.na(alpha)) {
    rgb(red = col_mtx, maxColorValue = MAX_COL)
  } else {
    col_alf <- MAX_COL * alpha
    rgb(red = col_mtx, alpha = col_alf, maxColorValue = MAX_COL)
  }
}

如果您输入颜色的名称，则

col_r()

将返回十六进制代码，并通过

alpha

调整透明度。

# No transparency info.
col_r(c("pink", "purple"))

[1] "#FFC0CB" "#A020F0"

# Full opacity.
col_r(c("pink", "purple"), alpha = 1)

[1] "#FFC0CBFF" "#A020F0FF"

# 60% transparency.
col_r(c("pink", "purple"), alpha = 0.4)

[1] "#FFC0CB66" "#A020F066"