选择什么参数和阈值才能从 MetaboAnlyst 通路分析结果中获得显着的通路？

Question

MetaboAnalyst 通路分析结果总共给出 4 个不同的 p 值，即 原始 p 值、-log10 p 值、Holm-Bonferroni 调整 p 值 和 FDR 值。以及影响分数。

在我的案例中（下图）应该考虑哪个值才能获得重要的路径？截止的门槛应该是多少？

我尝试根据原始 p 值进行选择< 0.05

Answer 1

我会选择 FDR 调整后的 P 值。与 Bonferroni 校正等传统方法相比，错误发现率调整值是一种不太保守的方法。我永远不会使用原始 P 值，尤其是当您查询数百/数千条路径时。