在Snakemake规则中使用Github URL作为包装器

Question

我知道在Snakefile中定义基于包装器的规则的三种工作方式：

rule way1_wrapper_repository:
    wrapper:
        "0.0.8/bio/samtools_sort"
rule way2_local_relative_directory:
    wrapper:
        "local_wrappers/dir/samtools_sort"
rule way3_local_absolute_directory:
    wrapper:
        "file:///absolute/path/to/wrapper/samtools_sort"

文件说明：

或者，例如，对于开发，包装器指令也可以指向完整的URL，包括具有绝对路径file：//或相对路径文件的本地文件的URL：每个包装器的示例可以在位于Snakemake Wrapper存储库的包装器子目录中的README中找到。

但是我还没有找到一种方法来使用指向github上的包装器目录的URL（例如，我想使用不在默认的snakemake包装器存储库上托管的包装器）。

请注意，这对我来说是一种XY problem！我实际上想要定义一个相对于Snakefile的局部包装器，这只有在workdir与Snakefile相同的目录时才有可能：包装器的相对路径将始终相对于workdir进行评估，这使得很难包含snakemake项目或使用独立的workdir（在这种情况下，需要将包装器复制到替代workdir）。

Answer 1

我现在尝试使用“原始”github链接，它的工作原理。所以尝试类似的东西：

rule way4_remote_github_repository:
wrapper:
    "https://raw.gtihubusercontent.com/<githubuser>/<repository>/<branch>/path/to/wrapper/directory/"