主因子方差分析中嵌套因子的不同级别数

Question

我正在努力理解如何或是否可以使用 permanova （在 vegan::adonis2() 内）来分析具有 3 个“处理”级别的数据集，但每个处理中嵌套因子的级别数不同。我尝试过查看排列小插图和 Baaker 的在线书籍，但我不太清楚我是否有问题。

响应是水生生物中是否存在寄生虫物种，我们有兴趣了解入侵物种的严重程度是否会影响寄生虫群落。治疗或侵袭“状态”有 3 个级别（高、中、低）。发现了属于每个类别的不同数量的湖泊 (2,6,4)，并且在每个类别中，每个湖泊收集了 27 个样本。

湖泊嵌套在“处理”中，但是当我尝试使用以下内容作为排列的约束时，我收到一个关于需要平衡设计的错误。

CTRL<-how(within=Within(type='free'),
          plots=Plots(strata=my.covs$lake,type='free'))

这只是我如何定义分层的问题吗？是否有一些聪明的方法来重新编码数据，从而解决这个问题，或者永久诺瓦对于这种设计不可行？我可以手动排列吗？我的理解（可能不正确）是，为了测试“治疗”（即 MS 治疗/MS 湖（治疗））的效果，我的可交换单位是湖，我认为只是随机地将湖（及其 27 个观察值）重新分配给“治疗”是我想做的，但听起来这不是真的，或者不是我用上面的代码指定的？如果不是，处理这个结构的正确方法是什么？

Answer 1

假设每个

lake

实际上有27（或其倍数）行数据，我不明白为什么会出现不平衡？

lake

是一个因素吗？

顺便说一句，你的

how

是错误的。如果处理在

lake

水平上变化，因此在 lake 水平内是 constant

within

，则不应在湖地层内排列样本。你想要的是：

ctrl <- how(
  within = Within(type = "none"),
  plots  = Plots(strata = lake, type = "free")
)