如何运行具有多个随机因子的广义线性混合模型（GLMM）？

Question

我想使用包glmer中的函数lme4运行具有多个随机因子的GLMM。

我有一个关于海洋垃圾的数据集，如下所示：

• count density：数字
• year：分类，两个级别
• round：明确的（每年都有自己的六轮，所以圆形 - 在一年中嵌套）
• monitoring site：明确的（数据在每个监测站点每年测量6次，因此与监测站点交叉）
• waters：明确的（每个水域有几个不同的地点，因此监测地点嵌套在水域）
• material：绝对的

我想知道海洋废​​弃物的数量密度是否在年，圆，水和材料之间存在显着差异。所以我把它放入：

glmm<-glmer(count density~material*(1|year/round)*(1|waters/monitoring sites),family=Poisson)

如果我的公式合适，你能告诉我吗？

当我输入时，我无法从模型中得到任何结果：

glmm

它说：

错误：找不到对象'glmm'

那么使用glmer的正确方法是什么？

Answer 1

至少（如果您的变量名称中确实有空格，这通常是一个坏主意，请参阅this question），您应该尝试：

glmm <- glmer(`count density` ~ material+(1|year/round)+
              (1|waters/`monitoring sites`), 
              family=poisson)

另请注意，year不能很好地作为随机效应，因为它只有两个级别（很难估计只有两个观察结果的差异：参见例如these simulations），所以也许

glmm <- glmer(`count density` ~ material+year+(1|year:round)+
               (1|waters/`monitoring sites`), 
              family=poisson)

会更好。