从 gm.prcomp 中提取特征值

Question

我习惯使用geomorph包中的plottangentspace。该函数已被 gm.prcomp 取代，但即使我使用函数summary或summary.gm.prcomp，我也无法提取特征值。 如果我使用summary，我有统计摘要（意思是...），并且我不能使用summary.gm.prcomp（R没有找到该函数） 我怎样才能提取我的特征值？

谢谢您的帮助！

海洋

Answer 1

函数“gm.prcomp”报告 VCV 矩阵的奇异值分解，您可以从那里重建特征值，因为总奇异值分解相当于数据中的总方差。

假设“ProcFit$coords”是我们的 Procrustes 拟合数据，那么

PCA<-gm.prcomp(ProcFit$coords) # calculates the PCA

PCA$d[1]/sum(PCA$d) # provides the Eigenvalue for the first principal component.

如果您

，您还可以看到与特征值的相似之处

plot(PCA$d)

或者，例如，如果您想从所有 PC 构建一个数据框架，累计解释至少 80% 的变化：

PCframe <- function(PCA, CutOff=80) {  # default cutoff of 80%

EigenSum<-k<-0

repeat { 

   k<-k+1

   EigenSum<-EigenSum+PCA$d[k]/sum(PCA$d)

   if(EigenSum>=CutOff/100) {

       break}}

PCAframe<-data.frame(PCA$x[,1:k])

return(PCAframe)}