使用 Python 笔记本从 Topspin 导出并绘制 2D 等高线图

Question

从 Topspin 程序中，我正在尝试导出

中的选定区域

• 适当的格式

到后来

• 使用 Python 代码绘制。

首先，我不知道要导出的格式是正确的，然后，代码绘制它之后也能够修改轴（通过使用 plt.set_x(y)lim()）。最后提到的一件事将对于设置先前选择的区域的子区域非常有用。

我尝试过以下方法：

右键单击所选区域 > 将显示区域保存到...

如果我选择最后一个选项，则会出现一个大的 .txt 文件，其中包含 XY 网格的 z 轴中的值，但有关 x 和 y 轴的信息会丢失，并且无法选择子区域。

对于选择正确的格式和代码有什么建议吗？

Answer 1

如果有人遇到同样的问题并且找不到任何答案，这里有解决方案：

https://github.com/jjhelmus/nmrglue/issues/214

这里是代码：

# read data
dic, data = ng.bruker.read_pdata("datafolder/1/pdata/1")

# read in axis ppm parameters
udic = ng.bruker.guess_udic(dic, data, strip_fake=True)
uc = {i: ng.fileiobase.uc_from_udic(udic, dim=i) for i in (0, 1)}
axis_limits = [*uc[1].ppm_limits(), *uc[0].ppm_limits()]

# contour levels
levels = [data.max() / 20 * 1.4**i for i in range(10)]  # change as needed

# plot
fig, ax = plt.subplots()
ax.contour(
    data.real, 
    levels=levels, 
    extent=axis_limits, 
    cmap=plt.cm.Greys_r, # change as per your preference 
    linewidths=0.5, # change as per your preference
)

ax.set_xlim(11.5, 6)  # change as needed
ax.set_ylim(135, 105)  # change as needed

plt.show()