pnbinom 中的错误（counts_sub[a, b] - 1, mu = old_mu[a, b], size = 1/old_phi[a]）

Question

我正在尝试对原始 RNA-Seq 计数进行批量校正。然而，当我尝试运行 ComBat 时，会发生以下情况：

library("sva")
batch <- c(rep(1, 9),rep(2, 19))

adjusted <- ComBat_seq(matr_red_gene %>% select(-GENE), batch=batch, group=FALSE)

发现 2 个批次
在 ComBat-seq 中使用空模型。
调整 对于 0 个协变量或协变量水平
估计 分散体
拟合 GLM 模型
收缩 - 使用 GLM 参数估计
调整数据
误差 pnbinom(counts_sub[a, b] - 1, mu = old_mu[a, b], 大小 = 1/old_phi[a]) ：数学函数的非数字参数

请问您有什么建议吗？
预先感谢

Answer 1

我遇到了同样的错误，并通过使用 as.matrix() 函数将输入计数从 tibble 转换为矩阵来解决它。