Slurm --cpus-per-task 命令

Question

大家好，我实际上使用的是一个名为 RepeatMasker 的软件，在这个管道中，我可以使用命令 -pa

通过 slurm 运行并行作业

这是有关此命令的文档：

RepeatMasker -h
-pa(rallel) [number]
        The number of sequence batch jobs [50kb minimum] to run in parallel.
        RepeatMasker will fork off this number of parallel jobs, each
        running the search engine specified. For each search engine
        invocation ( where applicable ) a fixed the number of cores/threads
        is used:

          RMBlast     4 cores
To estimate the number of cores a RepeatMasker run will use simply
        multiply the -pa value by the number of cores the particular search
        engine will use.

所以在 slurm 批处理脚本中我应该添加：

#SBATCH --cpus-per-task=8

RepeatMakser -pa 2, right?

自 8/4 =2

但我想知道是否还应该添加其他 #SBATCH 参数，或者 --cpus-per-task 是否足够？

谢谢大家

Answer 1

正如thia帖子中很好地解释的那样，我会推荐以下内容：

#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8

RepeatMasker -pa 2

然后，您将获得8个核心。您的 RepeatMasker 将产生两个引擎。每个引擎将使用 4 个核心。