'--dependendy=aftercorr:已提交'slurm 选项无法识别

Question

我有一个可以在 slurm 中运行的脚本。该脚本与 job-array aftercorr 一起使用，或者至少这是我想要它做的。基本上它运行第一个作业数组没有任何问题，但是，它无法识别命令--dependendy=aftercorr。我对 slurm 很陌生，你能帮我理解这个错误的原因吗？是否由于操作系统没有可用的命令而导致错误？或者我的脚本可能有错误？

下面是 bash 脚本的主线，然后是我收到的错误。

$ArrayAID=$(sbatch --array=1-5  Job_0.sh)
echo "Job-Array (script_0) id: ${ArrayAID}"

sbatch --array=1-5 --dependendy=aftercorr:$ArrayAID Job_1.sh

输出：

sbatch: unrecognized option '--dependendy=aftercorr:'
Try "sbatch --help" for more information

辛西娅

我尝试以交互模式运行它，并在 bash 中搜索 --help，但它并没有提供太多信息。我也想看看网上有什么，但我还是没有。

Answer 1

您在帖子中始终将

--dependency

拼写为

--dependendy

。我假设这是一个仅出现在 StackOverflow 消息中的拼写错误。

输出

$ArrayAID=$(sbatch --array=1-5  Job_0.sh)

将是

ArrayAID

将包含

Submitted job XXXXX

，其中

XXXXX

是作业 ID，并且

$ArrayAID

将扩展为

Submitted

。因此，下一行将显示类似

sbatch --array=1-5 --dependendy=aftercorr:Submitted Job_1.sh

这是一个错误，因为 Slurm 需要的是作业 ID，而不是“已提交”一词。

将

--parsable

选项添加到第一个

sbatch call

：

$ArrayAID=$(sbatch --parsable --array=1-5  Job_0.sh)

使用该选项，

sbatch

将仅输出作业ID（以及集群名称（如果存在）；在这种情况下，您将必须进一步调整该行）并且

ArrayAID

将包含预期的作业ID

Answer 2

这是新行：

ArrayAID=$(sbatch --parsable --array=1-5  Job_0.sh)
echo "Job-Array. ID: ${ArrayAID}"
echo ""
sbatch --array=1-5 --dependency=aftercorr:${ArrayAID} Job_1.sh