警告：x 没有标签。假设树的顺序$tip.label

Question

我使用的是R包phytools中的

phylANOVA()

函数，如下：

phylANOVA(HoloceneTree, HolDat$Category, 
          HolDat$Niche_Breadth, nsim = 1000, posthoc = T)

我不断收到错误消息：

Warning: no labels for x. Assuming order of tree$tip.label.

Warning: no labels for y. Assuming order of tree$tip.label.

x 和 y 分别是类别和连续数据。 HolDat 如下所示：

structure(list(label = c("Aegotheles_novazelandiae", "Alauda_arvensis", 
"Anas_chlorotis", "Anas_platyrhynchos", "Anomalopteryx_didiformis", 
"Chen_caerulescens"), Category = c("Flightless", "True Fliers", 
"True Fliers", "True Fliers", "Flightless", "True Fliers"), biovar = c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L), Niche_Breadth = c(5.259427983, 3.207528743, 4.208010193, 
29.52295142, 6.985928971, 32.54111922)), row.names = c("Aegotheles_novazelandiae", 
"Alauda_arvensis", "Anas_chlorotis", "Anas_platyrhynchos", "Anomalopteryx_didiformis", 
"Chen_caerulescens"), class = "data.frame")

如您所见，我将物种名称作为行名称。我还尝试将第一列（包含物种）重命名为“Species”、“Species_Name”和“Label”，但每次我都会收到相同的错误，表明 x 和 y 没有标签。如何使该函数可以将物种名称读取为物种标签？

Answer 1

HoltDat<-tibble(label = c("Aegotheles_novazelandiae", "Alauda_arvensis","Anas_chlorotis", "Anas_platyrhynchos", "Anomalopteryx_didiformis","Chen_caerulescens"), 
              Category = c("Flightless", "True Fliers","True Fliers", "True Fliers", "Flightless", "True Fliers"), 
              biovar = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), 
              Niche_Breadth = c(5.259427983, 3.207528743, 4.208010193,29.52295142, 6.985928971, 32.54111922),
              row.names = c("Aegotheles_novazelandiae", "Alauda_arvensis", "Anas_chlorotis", "Anas_platyrhynchos", "Anomalopteryx_didiformis", "Chen_caerulescens"))

请注意，这不是错误，只是警告。如果树中尖端标签的顺序与表中物种的顺序相同，那么它就可以正常工作。 为了避免树中提示标签的顺序不同时出现问题，请在 phylANOVA 命名向量中使用而不是“HolDat$Category”和 HolDat$Niche_Breadth，可以通过以下方式创建：

HoltDatGroups <- HoltDat$Category
names(HoltDatGroups) <- HoltDat$label
HoltDatTraits <- HoltDat$Niche_Breadth
names(HoltDatTraits) <- HoltDat$label