催化剂包图MST

Question

我只是想知道如何绘制 MST，就像使用 flowsom 时一样，但使用 Catalyst 包来代替。我已经遵循了生物导体上的催化剂教程，刚刚完成了聚类部分。如果能够使用 MST 可视化聚类就好了，但我不知道该怎么做...... 非常感谢您的帮助

这是我尝试使用催化剂包进行聚类的代码：

sce <- cluster(sce, features = "type", 
               xdim = 10, ydim = 10, maxK = 20, 
               verbose = FALSE, seed = 1)

然后我尝试了以下方法来绘制 MST：

fsom <- metadata(sce)$SOM
PlotStars(fsom, view = "MST", backgroundValues = fsom$metaclustering)

但是我得到了以下信息： UpdateFlowSOM(fsom) 中的错误：fsom 应该是 FlowSOM 对象。

我现在不知道如何进行这项工作...

Answer 1

1. 首先，提取SOM结果：

   som_结果<- metadata(sce)$SOM

2）获取SOM权重和元聚类结果：

som_weights <- som_results$codes
meta_clusters <- som_results$metaclustering

3. 计算SOM节点之间的距离：

   图书馆（区） 距离 <- as.matrix(dist(som_weights))

4. 使用这些距离创建 MST：

   图书馆（igraph） 最大 <- minimum.spanning.tree(graph_from_adjacency_matrix(distances, weighted = TRUE, mode = "undirected"))

5）最后，绘制 MST：

library(ggraph)
library(tidygraph)

graph_data <- as_tbl_graph(mst) %>%
  mutate(cluster = meta_clusters)

ggraph(graph_data, layout = "kk") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(aes(color = factor(cluster)), size = 5) +
  theme_void() +
  labs(color = "Meta-cluster")

此代码使用 SOM 结果创建 MST，并根据元簇为每个节点着色。结果将类似于 FlowSOM 的 MST 可视化。