如何运行工作目录为本地存储前缀的规则？

Question

贪吃蛇8.20.3

在我的配置中，我设置了

default-storage-provider: fs
local-storage-prefix: /wrk-vakka/users/$USER/local

但是，当我运行诸如

之类的规则时

localrules: test_lf
rule test_lf:
    output: "touched_file.txt"
    shell:  """
        echo $(pwd)
        touch touched_file.txt
    """

然后它会在我的

touched_file.txt

所在的目录中创建

Snakefile

，而不是在指定的

local-storage-prefix

下。

如何制作使用

local-storage-prefix

作为其 shell 脚本的工作目录的 shell 规则？

Answer 1

解决方案是在脚本内使用输出通配符，如下所示：

localrules: test_lf
rule test_lf:
    output: "touched_file.txt"
    shell:  """
        echo $(pwd)
        touch {output}
    """