ieugwasr：我有访问令牌，但无法从 ieugwasr API 下载数据

Question

我正在使用

ieugwasr

包，当我尝试重新运行一些分析时，

library("stringr", "tidyr", "data.table", "TwoSampleMR", "MendelianRandomization", 
        "tibble", "httr", "jsonlite", "remotes", "readxl", "dplyr", "vroom")

outcome <- extract_outcome_data(snps="rs251905", 
                                outcomes = 'ebi-a-GCST90018974',
                                proxies = F)

出现以下错误：

从 1 个 GWAS 中提取 1 个 SNP 的数据 ieugwasr::associations 中的错误（变量 = snps，id = 结果，代理 = 代理，： 未使用的参数（access_token = access_token）

这很奇怪，因为我之前使用这个包访问数据及其功能时从未遇到过访问令牌的任何问题。

然后我找到了下面的链接并尝试了教程中的步骤。 https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html#authentication

然而，即使按照步骤操作，我仍然无法拨打电话

extract_outcome_data

。这很令人费解，因为教程中的两个检查点返回了所需的结果：

要检查您的令牌是否被识别，请运行

ieugwasr::get_opengwas_jwt()

。如果它返回一个长随机字符串，那么您就通过了身份验证。

get_opengwas_jwt()

返回了我的访问令牌。这意味着我“已通过身份验证”。

要检查您的令牌是否正常工作，请运行

user()

。它将使用您的令牌向 API 请求您的用户信息。它应该返回一个包含您的用户信息的列表。如果它返回错误，则说明您的令牌不起作用。

user()

还返回了我的用户信息列表，这意味着我的令牌有效。

非常感谢任何意见和建议。

Answer 1

事实证明，当所有其他方法都失败时，需要采取严厉措施，即卸载并重新安装

TwoSampleMR

和

ieugwasr

软件包！