斐济错误：文件 --> 导入 --> 图像序列 --> 虚拟堆栈：图像宽度和高度为 <= 0

Question

我正在尝试导入 70 个多通道图像（.tif 格式）的图像序列，以便使用网格收集/拼接功能生成一张大图像。但是，当我导入文件夹时，其中一个文件 (Nikon_40) 出现错误，指出宽度和高度为零。然而，我可以在斐济单独打开该文件，不会出现错误，并且图像信息给出非零的高度和宽度（1024）。谁能告诉我为什么我不断收到此错误？我检查了几次元数据，找不到零值。

我尝试一次打开一个文件，所有这些文件都可以正确打开，但是当我按顺序导入时，它会遇到此错误。

下面是正常打开的文件（Nikon_01.tif）和有问题的文件（Nikon_40.tif）的谷歌驱动器

https://drive.google.com/drive/folders/1wMMpwhBon8ns8r0iVCzE28WpBQpddfyU?usp=sharing

Answer 1

问题可能是导出的 .tif 文件的尺寸顺序。它是通道 (c) = 1 和帧 (t) = 3。以下使用 BioFormats 导入器（而不是导入 -> 图像序列）的 ImageJ 宏代码适用于两个示例图像：

run("Bio-Formats Macro Extensions");

currentDirectory = getDirectory("Choose a directory");

fileList = getFileList(currentDirectory);

for (file = 0; file < fileList.length; file++) {
        
    Ext.isThisType(currentDirectory + fileList[file], supportedFileFormat);
    
    if (supportedFileFormat=="true") {
        Ext.setId(currentDirectory + fileList[file]);
        Ext.getSeriesCount(seriesCount);
        
        for (series = 1; series <= seriesCount; series++) {
            //record the Bio-Formats importer with the setup you need if different from below and change accordingly
            run("Bio-Formats Importer", "open=[" + currentDirectory + fileList[file] + "] autoscale color_mode=Composite rois_import=[ROI manager] view=Hyperstack stack_order=XYCZT swap_dimensions z_1=1 c_1=3 t_1=1 series_"+series);
            
        }
        
    }
}