Snakemake 在脚本更新后不重新运行工作流程或规则

Question

在snakemake中，如何指示脚本是输出文件的依赖项，以便如果脚本更改，规则将重新运行？

例如，假设这是我的规则；

rule myrule:
    input:
        "foo.csv"
    output:
        "foobar.csv"
    script:
        "barfoo.py"

我错误地认为，如果我更改

barfoo.py

并执行

snakemake

，将会触发规则的重新运行。然而，情况似乎并非如此。更改为

barfoo.py

并运行

snakemake

后，它表示一切都是最新的。

我是snakemake的新手，所以我缺少基础知识。如果是这样，我深表歉意（我已经搜索并进行了 rtfm 编辑）。我认为有某种方法可以做到这一点，就像 GNU Make 那样。例如

foobar.csv: foo.csv foobar.py
    python foobar.py foo.csv foobar.csv

目前我正在修改剧本后做一个

snakemake --foreceall

，但这似乎达不到目的。

Answer 1

使用版本 8.4.8，我无法重现您的场景。当我改变

barfoo.py

时，snakemake会重新运行，甚至告诉我原因：

Reasons:
    (check individual jobs above for details)
    code has changed since last execution:
        myrule

调节该行为的命令是

--rerun-triggers

，默认情况下所有触发器都应处于活动状态，但您可以尝试使用它并查看它是否有效果。例如。

--rerun-triggers code

。

您运行的是哪个 Snakemake 版本？