大型稀疏矩阵到三角矩阵R

Question

我在R中有一个非常大的（大约9100万个非零条目）sparseMatrix（）看起来像：

> myMatrix 
  a b c  
a . 1 2
b 1 . .
c 2 . .

我想将它转换为三角形矩阵（上部或下部），但是当我尝试myMatrix = myMatrix * lower.tri（myMatrix）时，有一个错误，即lower.tri（）的“问题太大”。想知道是否有人可能知道解决方案。谢谢你的帮助！

Answer 1

而不是在矩阵本身上工作，而是在它的summary上工作：

library(Matrix)
myMatrix <- sparseMatrix(
    i = c(1,1,2,3),
    j = c(2,3,1,1),
    x = c(1,2,1,2))

myMatrix
# 3 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#           
# [1,] . 1 2
# [2,] 1 . .
# [3,] 2 . .

mat.summ   <- summary(myMatrix)
lower.summ <- subset(mat.summ, i >= j)

sparseMatrix(i = lower.summ$i,
             j = lower.summ$j,
             x = lower.summ$x,
             dims = dim(myMatrix))
# 3 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#           
# [1,] . . .
# [2,] 1 . .
# [3,] 2 . .

Answer 2

当你有一个大的稀疏矩阵时，这个会快一点：

ind <- which(myMatrix@i > myMatrix@j)
myMatrix_lower <- sparseMatrix(i = myMatrix@i[ind], 
                               j = myMatrix@j[ind],
                               x = myMatrix@x[ind] ,
                               dims = dim(myMatrix),
                               giveCsparse = F, index1 = FALSE)