使用anaconda环境运行qsub

Question

我有一个程序通常在Linux中的conda环境中运行，因为我使用它来管理我的库，并使用以下指令：

source activate my_environment
python hello_world.py

如何在与PBS一起使用的高级计算机中运行hello_world.py。说明解释为运行调整代码script.sh，如下所示，并使用qsub指令调用。

# script.sh
#!/bin/sh
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N job_example
#PBS -l select=24
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec ./programa_mpi

如何使用我的anaconda环境使用qsub运行hello_world.py？

Answer 1

在激活环境之前和运行脚本之前，您需要加载Python模块。

module load python3

cd $PBS_O_WORKDIR
source activate my_environment

mpiexec python hello_world.py

查看您所在机构的文档，了解他们的Python模块。在我的机构，Anaconda是Python3的环境模块，所以你可以像我展示的那样加载它。