pbs 相关问题

PBS代表便携式批处理系统，描述了一系列用于高性能计算的软件产品。

Snakemake 远程规则在 PBS 集群中执行脚本之前停止

我有一个snakemake (7.22.0)，在启动后就停止了。我有在集群上运行（通过 pbs）并执行外部 Python 脚本的规则。我注意到现在有些规则停滞不前......

cluster-computing snakemake hpc pbs

回答 1 投票 0

通过 PBS 提交时，Conda 作为 bash 脚本执行

我无法制作最小的可重现示例，因为此错误是通过 PBS 作业管理器提交到服务器时出现的。 qsub -N $JOBNAME -S /bin/bash -j y -o ~/Projects/JOBS/$JOBNAME....

bash conda pbs

回答 1 投票 0

PBS Pro 自定义 stdout stderr 文件名

我想知道如何将 jobID 附加到自定义标准输出文件名。我不喜欢 PBS Pro 中的默认选项 jobname.o 和 jobname.e。使用 SLURM，我可以定义标准输出文件名和

stdout stderr pbs qsub

回答 1 投票 0

pbs 作业忙时无输出

我在使用 PBS 时遇到了一个问题，在我提交的所有作业中，往往有一小部分无法产生应有的任何输出。我必须重新提交几次，直到他们...

cluster-computing pbs qsub torque

回答 1 投票 0

在集群执行中获取计算节点本地的snakemake环境变量

有没有办法在snakemake的shell指令中延迟计算变量？我们的 PBS 计算集群为每个提交的作业创建一个节点本地暂存目录，并设置 $TMPDIR 的值...

snakemake pbs

回答 1 投票 0

如何获取max_array_size？

我正在尝试将大型作业数组提交到集群。 qsub 请求失败，并出现错误作业数组请求错误。我想这是因为我的工作数组太大了。我怎样才能读取最大允许...

hpc pbs qsub torque

回答 2 投票 0

有没有办法在保留默认名称的同时更改 PBS 输出和错误文件的默认目录？

如标题所示，当我提交 PBS 作业时，它们总是在当前工作目录中创建输出和错误文件。我想使用 #PB 指定 PBS 脚本文件中的目录...

pbs

回答 0 投票 0

PBS 上的 Python 脚本失败并出现错误 =>> PBS：作业被杀死：ncpus 37.94 超出限制 36（总和）

当我在 PBS 调度程序上运行 python 脚本（使用 Miniconda）时，出现标题中提到的错误。我认为 numpy 正在做一些多线程/处理，但我无法阻止它这样做。我

python multithreading numpy anaconda pbs

回答 2 投票 0

TORQUE、HTCondor和Apache Mesos的主要区别是什么？

http:/www.adaptivecomputing.comproductsopen-sourcetorque https:/research.cs.wisc.eduhtcondor 我正在寻找一个执行分布式计算的程序（虽然不需要并行计算）......。

scheduler pbs torque condor

回答 1 投票 5

通过Dask向PBS提交自定义工作脚本？

我有一个PBS作业脚本，其中包含一个将结果写入文件的可执行文件。 ###一些行PBS_O_EXEDIR =“ path / to / software” EXECUTABLE =“ executablefile” OUTFILE =“ out” ###复制应用程序目录...

cluster-computing dask dask-distributed pbs dask-jobqueue

回答 1 投票 0

在群集的节点上启动Jupyter笔记本计算机（高性能计算或HPC设备）

我想在集群的节点上而不是登录节点上运行jupyter notebook。我可以在登录节点上远程运行jupyter笔记本，但这会不必要地减慢群集的使用。 ...

jupyter-notebook cluster-computing hpc pbs qsub

回答 1 投票 1

PBS集群节点上的多处理

我必须使用不同的参数（或随机数生成器种子）对同一模型进行多次仿真。以前，我在具有许多核心的服务器上工作，在这里我使用了python multiprocessing ...

python multiprocessing hpc pbs

回答 1 投票 1

编辑一个已提交的Pbs作业的Job ID号，以使其在队列中的其他作业之前完成提交

亲爱的UNIX / PBS专家：我是UNIX HPC系统（CentOS Linux 7（核心），Linux 3.10.0-693.5.2.el7.x86_64）的用户，我没有任何root特权。在HPC系统上已提交了各种作业...

linux unix hpc pbs

回答 1 投票 0

snakemake群集脚本ImportError snakemake.utils

我有一个随机出现的奇怪问题，我真的不知道何时何地。我正在像这样运行snakemake管道：conda activate $ myEnv snakemake -s $ snakefile --...

python hpc snakemake pbs

回答 1 投票 2

PBS上的qsub没有给出输出

我正在尝试将python作业提交给PBS，并获得打印的内容作为输出。一个简单的例子是：python文件test.py：导入时间print（time.time（））pbs提交文件job_test.pbs：＃！/ bin / ...

pbs qsub

回答 1 投票 1

pbs群集-python多个模拟

python multiprocessing cluster-computing pbs mpi4py

回答 1 投票 0

使用并行工具在PBS中运行一百万个列表

我的工作量巨大（几百万），包含列表，并且希望运行Java编写的工具来执行功能比较。该工具在真实的0m0.179s用户0m0.005s sys 0m0中完成计算。...

amazon-ec2 parallel-processing openmpi gnu-parallel pbs

回答 1 投票 1

如何将数据复制到特定的HPC节点不知道它是哪个节点作业开始前

由于我们的HPC，运行我们的代码的最佳方式的特殊配置是将数据从一个headnode复制到硬盘驱动器在特定节点上运行的（我们使用一个节点时）进行分析。 ...

jobs hpc pbs

回答 1 投票 0

使用anaconda环境运行qsub

我有一个程序通常在Linux中的conda环境中运行，因为我使用它来管理我的库，使用以下指令：source activate my_environment python hello_world.py我怎样才能......

python linux anaconda pbs qsub

回答 1 投票 5

在PBS Pro中排除（或包含）特定节点

我正在研究一个有8个节点的集群; 4个节点有python，4个节点没有。如何确保我的python作业只用python转到节点？我对群集PBS Pro 13.1没有管理员权限...

cluster-computing pbs qsub

回答 1 投票 1

pbs 相关问题

最新问题