在集群执行中获取计算节点本地的snakemake环境变量

Question

有没有办法在snakemake的

shell

指令中延迟评估变量？

我们的 PBS 计算集群为每个提交的作业创建一个节点本地临时目录，并在执行过程中将

$TMPDIR

的值设置为该目录的路径。作业结束后，该临时临时目录将被删除。由于snakemake正在登录节点上创建作业脚本（后来被

qsub

'ed到PBS），并且在临时暂存甚至没有创建的时间点，我无法使用暂存目录进行高效的作业分组。这样我就必须在 NFS 上来回读写文件。

我尝试使用

shadow

并将

shadow-dir

设置为

$TMPDIR

，但同样，只有在 PBS 解析作业脚本后才设置正确的值。

Answer 1

据我所知，答案是“不”。

但是，如果您通过评论或点赞来表达这个功能请求的一些喜爱，那么我们也许能够更快地引起开发人员的注意。