用于创建HDF5数据集的4维c ++数组的动态内存分配

Question

我在QT中有一个程序，它创建一个HDF5数据集并将其保存在磁盘中。

起初我定义了这个数组：

int data[dataNumber][dataFilter][dataWidth][dataHeight];

其中dataNumber=400000,dataFilter=1,dataWidth=2,dataHeight=2和在这个循环中我在这个数组中设置了相同的值（当然为了简单起见）：

for (int i = 0; i < dataNumber; i++)
    for (int j = 0; j < dataFilter; j++)
        for (int k = 0; k < dataWidth; k++)
            for (int l = 0; l < dataHeight; l++)
                data[i][j][k][l]=2;

之后我使用这些命令创建HDF5数据集：

// Create a new file using the default property lists.
H5File file(FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC);

datadims[0] = dataNumber;
datadims[1] = dataFilter;
datadims[2] = dataWidth;
datadims[3] = dataHeight;

IntType datatype( PredType::NATIVE_INT );
datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );
DataSpace dataspace(4, datadims);

// Create the dataset.
DataSet dataset = file.createDataSet("data", datatype, dataspace);
dataset.write(data, PredType::NATIVE_INT);

一切都很好。

但是当我设置qazxsw poi时，发生了qazxsw poi，我认为堆栈的保留大小会导致这个问题，我应该使用dataWidth=4,dataHeight=4。

所以我改变了segmentation fault数组如下以克服：

Dynamic memory allocation

但使用后：

data

int ****data ;
data = new int***[dataNumber];
for( int i = 0 ; i < dataNumber ; i++ )
{
    data[i] = new int**[dataFilter] ;
    for( int j = 0 ; j < dataFilter ; j++ )
    {
        data[i][j] = new int*[dataWidth] ;
        for( int k = 0 ; k < dataWidth ; k++ )
            data[i][j][k] = new int[ dataHeight ] ;
     }
}

数据集有很多错误的数字，如-1865382688和-1720619824而不是真数= 2。

现在我不知道如何解决这个问题。我希望有人能帮帮忙。

Answer 1

我建议分配一个连续的内存块，如下所示：

DataSet dataset = file.createDataSet("data", datatype, dataspace);
dataset.write(data, PredType::NATIVE_INT);

这意味着您需要调用一次new运算符，而不是多次调用它。只需拨打一个电话，这也可以轻松清理所有这些内存：

HDF5

而不是再次呼叫删除数千次。之后，您可以使用以下内容索引到数组：

int *data = new int[dataNumber * dataFilter * dataWidth * dataHeight];

Answer 2

这是预期的：您传递的是指针数组（指向指针的指针），其中HDF5需要单个多维数组。 （有关内存布局差异的ASCII图形，请参阅我的delete []data; 。）如果您希望能够将内存传递给HDF5，则必须在单个块中分配内存。

在C ++中，你需要像data[((i*dataFilter + j)*dataWidth + k)*dataHeight + l]; 建议的那样：

answer to this other question

并自己做指数计算。我在此不再重复。

当然，您可以将索引计算封装在某种宏或模板中，但无论哪种方式，都可以使用PITA在C ++中使用4D数组。

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但是，如果您可以选择在C中编写此代码，则有一个更好的选择：使用真正的4D数组。

Marko Popovic

在这里，int* data = new int[dataNumber*dataFilter*dataWidth*dataHeight]; 是指向你的4D阵列的3D拍击的指针，你分配这样的拍子的

int (*data)[dataFilter][dataWidth][dataHeight];
data = malloc(dataNumber*sizeof(*data));

来获得你的4D阵列。有了这个，您可以像以前一样简单地索引4D数组：

data

C将为您进行指数计算。

假设在编译时不知道您的数组大小，这种方法在C ++中是不可能的，因为C ++要求所有数组长度都是编译时常量。 C没有这个限制，允许从C99开始的动态数组大小。