Box-Cox回归转换，emmeans无法正常工作

Question

我正在对需要转换的数据进行线性回归，因为我正在使用Box-Cox电源转换，然后使用反向转换来使用原始比例编写报告。我一直试图用emmeans包来做这个，然后我按照emmeans package vignette中描述的步骤进行，但是，我发现估计均值的汇总结果与未转换的数据完全不相似。实际上，输出根本没有变换。

以下是使用emmeans包中的示例的可重现示例：

require(emmeans)

# Fit a model using an oddball transformation:
bctran <- make.tran("boxcox", 0.368)
warp.bc <- with(bctran, 
                lm(linkfun(breaks) ~ wool * tension, data = warpbreaks))
# Obtain back-transformed LS means:    
emmeans(warp.bc, ~ tension | wool, type = "response")

# Fit a model without transformation:
warp <- lm(breaks ~ wool * tension, data = warpbreaks)

# Obtain LS means:
emmeans(warp, ~ tension | wool)

返回：

> emmeans(warp.bc, ~ tension | wool, type = "response")
wool = A:
 tension emmean    SE df lower.CL upper.CL
 L         8.07 0.419 48     7.23     8.92
 M         5.91 0.419 48     5.07     6.75
 H         5.94 0.419 48     5.10     6.79

wool = B:
 tension emmean    SE df lower.CL upper.CL
 L         6.45 0.419 48     5.61     7.29
 M         6.53 0.419 48     5.69     7.37
 H         5.22 0.419 48     4.38     6.07

Confidence level used: 0.95 
> emmeans(warp, ~ tension | wool)
wool = A:
 tension emmean   SE df lower.CL upper.CL
 L         44.6 3.65 48     37.2     51.9
 M         24.0 3.65 48     16.7     31.3
 H         24.6 3.65 48     17.2     31.9

wool = B:
 tension emmean   SE df lower.CL upper.CL
 L         28.2 3.65 48     20.9     35.6
 M         28.8 3.65 48     21.4     36.1
 H         18.8 3.65 48     11.4     26.1

Confidence level used: 0.95 

实际上估计的张力平均值：L应该是42.37，使用公式计算：

> origin + (1 + param * pmax(eta))^(1/param)


> 0 + (1 + 0.368 * pmax(8.07))^(1/0.368)
[1] 42.37179

有什么我缺少或不正确理解？

Answer 1

Hmmmm。我转载了这个问题。我不确定是什么问题，但到目前为止，我可以说bctran本身是有序的：

> emm = as.data.frame(emmeans(warp.bc, ~tension|wool))
> emm
  tension wool   emmean        SE df lower.CL upper.CL
1       L    A 8.074761 0.4192815 48 7.231739 8.917783
2       M    A 5.911710 0.4192815 48 5.068688 6.754732
3       H    A 5.942335 0.4192815 48 5.099313 6.785357
4       L    B 6.449869 0.4192815 48 5.606847 7.292891
5       M    B 6.531085 0.4192815 48 5.688063 7.374107
6       H    B 5.224939 0.4192815 48 4.381917 6.067961

> bctran$linkinv(emm$emmean)
[1] 42.42263 23.10060 23.32407 27.22827 27.88877 18.43951

所以这些反向转换的EMM是有序的。我将跟踪代码，看看为什么结果不会被反向转换。

更新

几个月前我发现了一个修订版的逻辑错误，如果转换是字符（例如，"log"），它可以正常工作，但如果它是一个列表（例如，你的bctran），它将被忽略。我在下一个版本中修复了该错误以推送到github site（版本> = 1.3.3.0999902），修复将在下一个CRAN更新（版本> 1.3.3）中。

> emmeans(warp.bc, ~ tension | wool)
wool = A:
 tension emmean    SE df lower.CL upper.CL
 L         8.07 0.419 48     7.23     8.92
 M         5.91 0.419 48     5.07     6.75
 H         5.94 0.419 48     5.10     6.79

wool = B:
 tension emmean    SE df lower.CL upper.CL
 L         6.45 0.419 48     5.61     7.29
 M         6.53 0.419 48     5.69     7.37
 H         5.22 0.419 48     4.38     6.07

Results are given on the Box-Cox (lambda = 0.368) (not the response) scale. 
Confidence level used: 0.95 

> emmeans(warp.bc, ~ tension | wool, type = "response")
wool = A:
 tension response   SE df lower.CL upper.CL
 L           42.4 4.48 48     34.0     52.0
 M           23.1 3.05 48     17.5     29.8
 H           23.3 3.07 48     17.7     30.0

wool = B:
 tension response   SE df lower.CL upper.CL
 L           27.2 3.38 48     20.9     34.6
 M           27.9 3.44 48     21.5     35.3
 H           18.4 2.65 48     13.6     24.3

Confidence level used: 0.95 
Intervals are back-transformed from the Box-Cox (lambda = 0.368) scale 

请注意，即使没有反向转换，也会有一个注释。您的结果中根本没有注释的事实是一个提示。