计算欧氏距离

Question

我有数据，其中行是点，列是坐标 x、y、z。

我想计算成对的点之间的欧氏距离，如 3-4、11-12、18-19 等等...例如，我不需要 3 和 11、12、18 之间的距离 问题是我必须分析 1074 个包含 1000 行或更多行的表，因此我正在寻找一种自动执行此操作的方法，也许考虑到我想计算奇数与偶数之间的距离这一事实。我不太关心输出格式，但请考虑一下，在我必须只选择距离之后<3.2, so a dataframe format will be great.

Answer 1

这样的事情怎么样：

首先，我会制作一些假数据

set.seed(4304)
df <- data.frame(
  x = runif(1000, -1, 1), 
  y = runif(1000, -1, 1), 
  z = runif(1000, -1,1)
)

在 2 秒内创建一个从 1 到数据集行数的值序列。

s <- seq(1, nrow(df), by=2)

使用

sapply()

计算每对点之间的距离。

out <- sapply(s, function(i){
  sqrt(sum((df[i,] - df[(i+1), ])^2))
})

将距离组织到数据框中

res <- data.frame(
  pair = paste(rownames(df)[s], rownames(df)[(s+1)], sep="-"), 
  dist=out)
head(res)
#     pair     dist
# 1   1-2 1.379992
# 2   3-4 1.303511
# 3   5-6 1.242302
# 4   7-8 1.257228
# 5  9-10 1.107484
# 6 11-12 1.392247

Answer 2

这是一个可以应用于保存数据的 data.frame 或矩阵的函数。

DistEucl <- function(X){
  i <- cumsum(seq_len(nrow(X)) %% 2 == 1)
  sapply(split(X, i), function(Y){
    sqrt(sum((Y[1, ] - Y[2, ])^2))
  })
}

DistEucl(df1)
#       1        2        3        4 
#1.229293 1.234273 1.245567 1.195319 

使用 DaveArmstrong 的回答中的数据，除了上述函数的返回值中的名称属性之外，结果是相同的。

out2 <- DistEucl(df)
all.equal(out, out2)
#[1] "names for current but not for target"

identical(out, unname(out2))
#[1] TRUE

问题中的数据

x <- c(13.457, 13.723, 15.319, 15.713, 18.446, 19.488, 19.762, 19.743)
y <- c(28.513, 29.656, 28.510, 27.342, 28.827, 28.24, 29.841, 30.942)
z <- c(40.513, 40.147, 43.281, 43.218, 43.095, 43.443, 40.094, 40.559)

df1 <- data.frame(x, y, z)