当数据框包含缺失值时如何计算偏相关

Question

我想计算两个变量集之间的部分相关性，同时控制数据框中的所有其他变量。

为此，我使用了

pcor(c("variable1", "variable2", "control1", "control2", etc.), var(dataFrame))

包中的

ggm

。然而，它不起作用，这意味着我得到了偏相关系数 NA。

我的数据框有数十个人格测试结果，评估参与者的神经质、外向性、开放性、宜人性和责任心：

studentLecturerPersonality <- read.delim("http://www.discoveringstatistics.com/docs/Chamorro-Premuzic.dat", header = TRUE)

names(studentLecturerPersonality) <- c("age", "gender", "studentNeuroticism", "studentExtraversion", "studentOpenness", "studentAgreeableness", "studentConscientiousness","lecturerNeuroticism", "lecturerExtraversion", "lecturerOpenness", "lecturerAgreeableness", "lecturerConscientiousness") 

studentLecturerPersonalityOnlyTraits <- subset(studentLecturerPersonality, select = c("studentNeuroticism", "studentExtraversion", "studentOpenness", "studentAgreeableness", "studentConscientiousness")) 

我使用

cor(dataFrame, use = "pairwise.complete.obs", method = "pearson")

和

cor(variable1, variable2, use = "pairwise.complete.obs", method = "pearson")

计算了变量之间的相关性，其中我知道如何处理缺失值 (NA)。

我想计算变量外向性和神经质之间的偏相关系数，同时控制对经验的开放性、宜人性和责任心：

studentLecturerPersonalityOnlyTraitsMatrix <- as.matrix(studentLecturerPersonalityOnlyTraits)

pcExtraversionNeuroticism <- pcor(c("studentExtraversion", "studentNeuroticism",
                                    "studentOpenness", 
                                    "studentAgreeableness", 
                                    "studentConscientiousness"), var(studentLecturerPersonalityOnlyTraitsMatrix))

pcExtraversionNeuroticism

返回

[1] NA

。

我不知道是否是因为数据框包含缺失值（NA），我没有（或无法）指定R应该如何处理（就像

cor()

中那样）。

任何人都可以建议我如何使

pcor()

工作或替代方法吗？

我真的很感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

在进行部分相关之前，您可以将矩阵子集为不包含

NA

的行：

complete_matrix  <- studentLecturerPersonalityOnlyTraitsMatrix[
    complete.cases(studentLecturerPersonalityOnlyTraitsMatrix),
]

然后使用这个矩阵：

pcExtraversionNeuroticism <- pcor(c("studentExtraversion", "studentNeuroticism",
                                    "studentOpenness", 
                                    "studentAgreeableness", 
                                    "studentConscientiousness"), var(complete_matrix))

pcExtraversionNeuroticism
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