在循环中使用对象名称的子字符串

Question

我在 R 中的分析有四个结果对象。 我想使用循环对它们进行相同的分析。我想制作一个通用脚本并使用名称的子字符串在我的文件上运行它。但是我不知道该怎么做。 我的对象的名称具有相同的名称，除了四个用于识别基因型的字符。

我想我可以使用类似于

bash

中的东西，我可以使用名称的子字符串进行循环，例如

for i in {7454620..7454643}; do 
  STAR --runThreadN 24 --readFilesIn ../surowe/ERR${i}_1.fastq.gz \\
  ../surowe/ERR${i}_2.fastq.gz --genomeDir ../../star-index --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \\
--outFileNamePrefix ERR${i} --readFilesCommand zcat
done

我已经阅读了几页有关使用

lapply

和

for

循环的内容，但没有找到任何符合我需求的内容。

Answer 1

这几乎肯定是重复的，但您正在寻找

sprintf

（或

paste0

或

glue

）和

get()

和

assign()

的组合。概括一个表达式，如

plus.a554.regr.vs.ch <- res.a554.leaf.regr.vs.ch[which(res.a554.leaf.regr.vs.ch$padj < 0.05 &
    res.a554.leaf.regr.vs.ch$log2FoldChange > 0),]

当您用不同的字符串替换

a554

时，您可以使用

get()

来获取基于字符串的变量，并使用

assign

来基于字符串设置它们的值，例如

v <- "a554"
recv_var <- sprintf("plus.%s.regr.vs.ch", v)
orig_var <- sprintf("res.%s.leaf.regr.vs.ch", v)
val <- with(orig_var, orig_var[padj < 0.05 & log2FoldChange > 0, ])
assign(recv_var, orig_var)

一些评论：

• 这种方法在 R 中是不惯用的；一般建议/最佳实践是将不同的结果收集在一个列表中。然后，您可以使用

  lapply()

  （或

  for

  循环）轻松迭代列表（并生成结果列表）。
• 在

  val <- 

  作业中，我使用

  with()

  使代码更加紧凑/可读（即

  with()

  允许我写

  padj

  和

  log2FoldChange

  而不是

  orig_var$padj

  和

  orig_var$log2FoldChange

  ）。如果您喜欢 tidyverse，您也可以使用

  dplyr::filter()

  来完成此任务。 （另外，

  which()

  在这里是不必要的。）
• 可以稍微压缩代码，但会牺牲可读性。