创建一个采用 2 个 DNA 序列的函数，检查它们是否具有相同的长度、是否是有效序列以及它们具有什么类型的突变

Question

我正在尝试创建一个函数，它接受 2 个 DNA 序列作为参数并检查 3 件事（按此顺序）：

1. 比较它们的长度是否相同
2. 检查它们是否都是有效序列（它们必须仅包含字符“ACGT”）
3. 确定两者之间发生了什么类型的突变（转变或颠换）

我对编码很陌生，所以我不确定我的错误在哪里。我的代码没有得到任何输出，当我得到输出时，这是一个错误。有什么建议吗？

这是我到目前为止所得到的：

dna_bases = ['ACGT']
ct = ['CT']
ag = ['AG']

def dna_comparison(seq1, seq2):
    if len(seq1) != len(seq2):
        print("Error: The sequences are different lengths.")
    else:
        for i in range(len(seq1)):
            for ii in range(len(seq2)):
                if seq1[i] or seq2[ii] not in dna_bases:
                    return False
                    break
                else:
                    print("Valid sequences. The program will continue")                    
                    transitions = 0
                    transversions = 0 
                    for i in range(len(seq1)):
                        if seq1[i] != seq2[i]:
                            if seq1[i] in ag and seq2[i] in ag:
                                transitions =+ 1
                            elif seq1[i] in ct and seq2[i] in ct:
                                transitions =+ 1
                            else:
                                transversion += 1
                    print (transitions)
                    print (transversions)

Answer 1

IIUC，你可以这样做：

def check(seq1, seq2):
    if len(seq1) != len(seq2):
        raise ValueError("Sequences not the same length")

    if set(seq1).union(seq2).difference("ACGT"):
        raise ValueError("Sequences contain invalid character")

    transitions = 0
    transversions = 0
    for s1, s2 in zip(seq1, seq2):
        if s1 == s2:
            continue
        if (s1 in "CT" and s2 in "CT") or (s1 in "AG" and s2 in "AG"):
            transitions += 1
        else:
            transversions += 1

    return transitions, transversions


seq1 = "ACGTACGTCCACGT"
seq2 = "TTTACCGACGTACG"

transitions, transversions = check(seq1, seq2)
print(f"{transitions=} {transversions=}")

打印：

transitions=1 transversions=10