使用 dplyr 以多个列作为值来计算相对于基线的变化

Question

我正在努力寻找一个 R 函数，将我的数据转换为“基线值的变化倍数”。基本上我有一个由 subject.id 和时间点组成的 data.frame，按具有多个物种值的处理分组，如下所示：

subject.id  timepoint  treatment  Species1  Species2  Species3  SpeciesX 
id1          baseline        A          40         10         5          5
id1             2h           A          41         12         5          6
id1             4h           A          40         20         6          5
id2          baseline        B          50         10         5          5
id2             2h           B          100        20         5          6
id2             4h           B          200        20         6          5

我需要这样的东西，保持相同的物种名称，但折叠变化：

subject.id  timepoint   treatment  Species1  Species2  Species3  SpeciesX 
id1          baseline        A          1         1         1           1
id1             2h           A          1.02      1.2       1           1.2
id1             4h           A          1         2         1.2         1
id2          baseline        B          1         1         1           1
id2             2h           B          2         2         1           1.2
id2             4h           B          4         2         1.2         1

Answer 1

library(dplyr)
df %>% 
  group_by(subject.id, treatment) %>% 
  mutate(across(starts_with("Species"), ~.x/.x[timepoint == "baseline"]))

# A tibble: 6 × 7
# Groups:   subject.id, treatment [2]
  subject.id timepoint treatment Species1 Species2 Species3 SpeciesX
  <chr>      <chr>     <chr>        <dbl>    <dbl>    <dbl>    <dbl>
1 id1        baseline  A             1         1        1        1  
2 id1        2h        A             1.02      1.2      1        1.2
3 id1        4h        A             1         2        1.2      1  
4 id2        baseline  B             1         1        1        1  
5 id2        2h        B             2         2        1        1.2
6 id2        4h        B             4         2        1.2      1