qplot：仅绘制阈值以下的节点

Question

我正在尝试制作一个不相似矩阵的可视图形。在此站点上，我从软件包qgraph中遇到了qgraph功能。使用threshold标志，可以从网络中除去提供的数值以上的边。但是，如果我只想绘制低于某个阈值而不是高于某个阈值的值，该怎么办？

为此，我回到此站点并在此处阅读：How to plot near-zero values with qgraph?为此目的使用cut标志。但是，正如答案所指出的那样，该标志只会“调整饱和度，以使剪切点以上的所有颜色都具有最强的颜色强度，剪切点以下的任何颜色都将使饱和度变弱”。

我想做的是仅绘制nodes之间低于我的切割值（或阈值）的线，而不绘制其他任何线。

以下是一些可重现的数据：

Dist <- data.frame(Sample_1 = c(0.0, 0.245, 0.191, 0.78, 0.5),  
               Sample_2 = c(0.3, 0.0, 0.2, 0.99, 0.6), 
               Sample_3 = c(0.65, 0.45, 0.0, 0.05, 0.8), 
               Sample_4 = c(0.45, 0.06, 0.88, 0.0, 0.7), 
               Sample_5 = c(0.11, 0.79, 0.66, 0.37, 0.0), 
              row.names = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5"))

绘制图形：

qgraph(Dist, layout = "circle", vsize = 5, color = c("cyan", "yellow", "pink", "green3", "gray"), labels = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5"), label.cex = 3, cut = 0.2)

如您所见，在cut = 0.2之上的所有图形也会绘制出来并且变暗。

我只希望绘制低于0.2阈值的值。有什么办法吗？

谢谢。

Answer 1

qgraph似乎没有能力降低到阈值以下，因此我们必须操纵输入数据。

将threshold至0或NA上方的值替换即可。使用NA会得到相同的输出，但带有警告。

Dist <- data.frame(
  Sample_1 = c(0.0, 0.245, 0.191, 0.78, 0.5),
  Sample_2 = c(0.3, 0.0, 0.2, 0.99, 0.6),
  Sample_3 = c(0.65, 0.45, 0.0, 0.05, 0.8),
  Sample_4 = c(0.45, 0.06, 0.88, 0.0, 0.7),
  Sample_5 = c(0.11, 0.79, 0.66, 0.37, 0.0),
  row.names = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5")
)

library(qgraph)

qgraph(
  replace(Dist, Dist > 0.2, 0),
  layout = "circle",
  vsize = 5,
  color = c("cyan", "yellow", "pink", "green3", "gray"),
  labels = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5"),
  label.cex = 3
)

<< img src =“ https://image.soinside.com/eyJ1cmwiOiAiaHR0cHM6Ly9pLmltZ3VyLmNvbS9oYjQ2aFdQLnBuZyJ9” alt =“”>

^{由reprex package（v0.3.0）在2020-04-06创建}