使用多个值扩展参数的最佳实践

Question

我有一个工作流程，其中我扩展具有多个值的参数（即 param1=[A,B]、param2=[1,2]）。该规则产生了预期的结果。但是，我不确定我是否遵循最佳实践。特别是，我不确定该规则的“可读性”和明确性如何，因为我在

Snakefile

中扩展参数并使用

wildcards

在规则中引用它。我非常感谢您的帮助和建议。以下是工作流程：

config.yaml：

test:
  param1: [A, B]
  param2: [1, 2]

蛇锉：

from snakemake.utils import min_version
min_version("8.0")

configfile: "config/config.yaml"

rule all:
    input:
        expand("out-param1_{p1}-param2_{p2}.txt", p1=config["test"]["param1"], p2=config["test"]["param2"]),
      
include: "rules/test_rule.smk"

规则：

rule test_rule:
    output:
        "out-param1_{p1}-param2_{p2}.txt"
    shell:
        """
        echo "param1 is: {wildcards.p1} param2 is: {wildcards.p2}" > {output}
        """

它会生成所有 4 个预期的输出文件：

out-param1_A-param2_1.txt
out-param1_A-param2_2.txt
out-param1_B-param2_1.txt
out-param1_B-param2_2.txt

祝你有美好的一天

Answer 1

我认为你做的事情是正确的。我知道这似乎有点奇怪，您通常会从已知输入的列表开始，然后使用

expand()

来决定需要什么工作流程输出，然后使用通配符模式构建一系列规则，允许 Snakemake 追溯这些输出文件名到原始输入。这一切看起来有点循环，但这就是它的工作原理。

所以继续。我有一个小建议，但我不确定它是否真的能让文章更具可读性，只是更简洁一点。

rule all:
    input:
        expand("out-param1_{param1}-param2_{param2}.txt", **config["test"])