缺少可选依赖项“表”。在 pandas 中 to_hdf

Question

• 以下代码给我错误。

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'a' : [1,2,3]})
df.to_hdf('temp.h5', key='df', mode='w')

• 这给了我错误。

  缺少可选的依赖项“表”。 使用 pip 或 conda 安装表。

• 我已经尝试过了 ImportError HDFStore 需要 PyTables 没有名为tables 的模块。还是一样的错误。

• 我在读取 hdf 文件时遇到同样的错误。并且

  tables

  已经为我的 python 安装了。

一些版本信息。

• python 3.7.4
• 熊猫0.25.2
• Windows10

PS：您可以在

repl

https://repl.it/.

中重现此内容

更新：

• 我尝试跟随跑步。

import tables

并收到此错误：

导入错误：无法加载任何['hdf5.dll'，'hdf5dll.dll']，请确保可以在系统路径中找到它。

• 看起来 pandas 没有为此给出准确的信息。它只是说在实际存在时缺少依赖关系。

• 如果有人知道如何解决这个问题。这会有帮助的。

Answer 1

对于 conda 用户：

conda install pytables

Answer 2

• 问题在于

  tables

  。
• 当我使用以下命令使用 pip 将

  tables

  安装到本地用户目录中时，它不起作用。

pip install --user tables

• 运行

  import tables

  将导致此错误。

  导入错误：无法加载任何['hdf5.dll'，'hdf5dll.dll']，请确保可以在系统路径中找到它

• 对我有用的解决方案是卸载表。并将其安装到python的目录中。 （或者你的Python安装位置）。

  without --user option

  。您可能需要管理员/root 访问权限，具体取决于您的 python 位置。

• 对我来说，我的Python路径是

  C:\Program Files\Python37-64\python.exe

  并且在

  c:\program files\python37-64\lib\site-packages\

  下安装对我有用。
• 希望这有帮助。我不知道为什么安装在用户目录中不适用于表。如果有人能找到原因，请在这里发帖。

Answer 3

我通过使用让它工作

conda install snappy

Answer 4

使用表 3.6.1 帮助我解决了依赖关系

pip install tables==3.6.1

Answer 5

我使用以下命令成功解决了这个问题：

pip install --upgrade tables

希望对你有用！

Answer 6

上述解决方案对我不起作用。也许是因为我使用 conda-forge 通道构建了个人环境，所以我取得了成功：

conda install -c conda-forge pytables

Answer 7

我在使用

pip install -U -r requirements.txt

刷新现有 conda virtal env 时出现了这个问题。我解决了这个问题如下：

1. conda env remove -n <env> # remove your virtual env.

2. conda create -n <env> python==3.8 # create your virtual env again.

3. pip install -U -r requirements.txt

混合维护 conda 和 pip 包非常乏味，所以我只使用后者。

Answer 8

在 Apple M2 处理器上使用 MacOS Ventura，上述内容对我不起作用。最终对我有用的是：

env HDF5_DIR=/opt/homebrew/opt/hdf5 python3 -m pip install tables

其中

/opt/homebrew/opt/hdf5

是

hdf5

安装位置

Answer 9

奇怪的是，我发现 pandas 错误与 pytables 无关，这是最后产生的错误。 在堆栈跟踪的较高位置，我注意到有关未导入 Callables 的错误（输入 support）。

这解决了我的问题：

 pip install --upgrade typing_extensions