使用ComBat时出错

Question

我对R很陌生，我正在尝试在331 x 89基因表达值矩阵上的R sva库中使用ComBat脚本。我的数据包括5个批次，并且按这种方式排序，因此前106行对应于批次1，接下来的106行对应于批次2，依此类推。]

 batch1 <- rep(1,times=106)
 batch2 <- rep(2,times=106)
 batch3 <- rep(3,times=39)
 batch4 <- rep(4,times=26)
 batch5 <- rep(5,times=54)
 batch.type <- as.factor(c(batch1,batch2,batch3,batch4,batch5)) 
然后我尝试使用此命令使用ComBat：

 ComBat(data,batch=batch.type,mod=NULL)
并且我得到以下读数和错误消息：

"Found 5 batches
Found 0  categorical covariate(s)
Standardizing Data across genes
Error in solve(t(design) %*% design) %*% t(design) %*% t(as.matrix(dat)) : 
  non-conformable arguments"

我对R很陌生，我正在尝试在331 x 89基因表达值矩阵上的R sva库中使用ComBat脚本。我的数据包括5个批次，并且按这种方式排序，因此第一个...

Answer 1

大约在一年前，我在两个sva软件包中都使用了ComBat（就在今天早上！）InSilicoDb软件包中，并且在两个软件包中使用ComBat方法都遇到了类似的错误。尽管有其他线程处于相似状态，但错误消息可能有所不同。我遇到了“ solve（t（设计）％％设计）％

Answer 2

我在批处理向量中找到了NA。删除它们有助于我解决“不一致的参数”错误。并删除具有零方差的值，使我度过“ while while error（change> conv）{：在需要TRUE / FALSE时缺少值”错误。检查批处理向量中的NA并添加到您的数据矩阵中：