ggsurvplot 在 Faceting 时不显示 add.all = TRUE 的组合生存曲线

Question

我正在尝试使用 R 中的 survminer 包创建生存图，其中数据按基因突变分割，并包含代表各个方面的所有个体的汇总线。当不使用 ggsurvplot 中的 add.all 进行多组（按性别和突变类型划分）时，生存分析和绘图工作正常。但是，当尝试使用 add.all = TRUE 添加跨方面的组合生存曲线时，它不会按预期显示。以下是使用肺部数据集的最小可重复示例：

示例：

    library(survival) ; library(survminer)

set.seed(102030)
lung <- lung %>% mutate( mut = sample(c("mutA","mutB"), nrow(lung), replace = T, prob = c(0.5,0.5))) # create 2 groups for demo

# Basic survival curves
fit1 <- survfit(Surv(time, status) ~ 1 , data = lung) # general overall survival 
ggsurvplot(fit1 , data = lung)

# Basic survival curves with 2 groups for sex
fit2 <- survfit(Surv(time, status) ~ sex , data = lung)
ggsurvplot(fit2 , data = lung) 

# Survival curves with 2 variables and 2 groups per variable (problematic part)
fit3 <- survfit(Surv(time, status) ~ sex + mut, data = lung)
ggsurvplot(fit3 , data = lung, facet.by = "mut") # example one facet by mut. Works as intended!
ggsurvplot(fit3 , data = lung, 
           facet.by = "mut", 
           add.all = T) # supposedly should have added a third groups (i.e. a line that represents the number of individuals in each facet) 

# I also tried this approach, but this is not faceting the plot either.
ggsurvplot_combine(
  list(fit1, fit3),
  list(lung, lung),
  facet.by = "mut",
  pval = TRUE,
  risk.table = TRUE,
  conf.int = F,
  palette = "jco"
)

我希望 add.all = TRUE 参数在各个面上添加一条汇总曲线，但这不会发生。我该如何解决这个问题或者功能是否有限制？ 我可能需要以不同的方式使用

ggsurvplot_group_by

或

ggsurvplot_facet

。

Answer 1

由于 survminer 中尚未实现分面（或分组）和添加总组 (add.all=TRUE)，因此您可以单独绘制曲线，然后使用

arrange_ggsurvplots

将它们组合起来。

pA <- ggsurvplot(fit3, title="Mutant A",
                 add.all=TRUE, 
                 data = subset(lung, subset=mut=="mutA")); pA
pB <- ggsurvplot(fit3, add.all=TRUE, title="Mutant B",
                 data = subset(lung, subset=mut=="mutB"))

pAB <- arrange_ggsurvplots(list(pA, pB))
ggsave("pAB.png", pAB, width=10, height=5)