手动填充 geom_bar_pattern 并为其着色

Question

我有来自多个

sample

的计数数据，这些数据映射到两个

class

、两个

group

和三个

type

：

library(dplyr)
set.seed(1)
df <- data.frame(type = c(rep("A",12), rep("B",12), rep("C",12)),
                 group = rep(c("O1","O1","O2","O2","O3","O3","Y1","Y1","Y2","Y2","Y3","Y3"),3),
                 class = rep(c("c1","c2"),18),
                 sample = rep(c("O1.c1_1","O1.c2_1","O2.c1_1","O2.c2_1","O3.c1_1","O3.c2_1",
                                "Y1.c1_1","Y1.c2_1","Y2.c1_1","Y2.c2_1","Y3.c1_1","Y3.c2_1"),3),
                 n = round(runif(36,10,50))) %>%
  dplyr::group_by(type) %>% dplyr::mutate(type.n = sum(n)) %>%
  dplyr::ungroup() %>% dplyr::mutate(f = n/type.n)
df$sample <- factor(df$sample, levels = c("O1.c1_1","O1.c2_1","O2.c1_1","O2.c2_1","O3.c1_1","O3.c2_1","Y1.c1_1","Y1.c2_1","Y2.c1_1","Y2.c2_1","Y3.c1_1","Y3.c2_1"))
df$class <- factor(df$class, levels = c("c1","c2"))

每个

sample

在其名称中编码了从中采样的

class

和

group

（例如，这些可能是单细胞 RNA-seq 样本，其中

class

对应于组织，

group

对应于动物，

type

对应细胞类型）。

我想将

sample

s'

df$f

值绘制为堆积条形图，其中每个条形都是

type

，由

group

进行颜色编码，由

class

进行图案编码，并且我希望手动指定

group

（条形扇区）颜色以及图案颜色。

这是一个

data.frame

：

colors.df <- data.frame(group = levels(df$group),color = c("#55a189","#d27551","#7585a9","#ffa5ea","#c7ff64","#ffff38"))

我正在尝试

ggpattern

使用此代码：

library(ggplot2)
library(ggpattern)
ggplot(df, aes(type,f, fill = group))+
  geom_bar_pattern(colour="black", position = "stack", stat = "identity", mapping = aes(pattern = class), linewidth = 0.15, pattern = "circle", pattern_density = 0.2, pattern_spacing = 0.01, pattern_angle = 120) +
  scale_pattern_fill_manual(values = c(c1= 'black', c2 = 'white'))+
  scale_pattern_color_manual(values = c(c1= 'black', c2 = 'white'))+
  scale_fill_manual(values = colors.df$color)+
  theme_minimal()

这很接近：

但不幸的是，它没有像我试图在命令中指定的那样对模式进行颜色编码。

有什么想法吗？

我想使用

R

ggplot2

作为堆叠条形图，其中每个条形都是一个

Answer 1

您有一些问题。首先，通过稍后在调用

pattern

时设置

class

来覆盖

pattern = "circle"

美学到

geom_bar_pattern

的映射。如果您只想使用不同颜色的圆圈作为图案填充，则需要指定

scale_pattern_manual

。其次，为了使条形段保持正确的顺序，您需要使用

group = interaction(class, group)

作为映射的一部分。第三，您的

scale_

调用没有执行任何操作，因为

pattern_fill

和

pattern_color

是您尚未映射的独立美学。最后，你还有一些冗余。

geom_bar(stat = "identity")

几年前已被

geom_col

取代，并且

position = "stack"

已成为默认设置。

解决这一切，我们有：

library(ggplot2)
library(ggpattern)

ggplot(df, aes(type,f, fill = group)) +
  geom_col_pattern(aes(pattern = class, group = interaction(class, group),
                       pattern_fill = class, pattern_color = class), 
                   linewidth = 0.15, pattern_density = 0.2,
                   pattern_spacing = 0.01, pattern_angle = 120) +
  scale_pattern_fill_manual(values = c(c1 = 'black', c2 = 'white')) +
  scale_pattern_color_manual(values = c(c1 = 'black', c2 = 'white')) +
  scale_pattern_manual(values = c("circle", "circle")) +
  scale_fill_manual(values = colors.df$color) +
  theme_minimal(16)