我可以计算一个变量（通过另一个变量）的平均值/众数并在 R 中制表吗？

Question

我想找到每个唯一“taxon_name”的“trait_name”列下每个变量的平均值（对于数字变量）和众数（对于字符变量）。然后我想将这些值制成表格。

这就是我的数据框目前的样子（我也有一个宽版本）：

这是我想要的输出：

我编写了代码，手动计算每个“taxon_name”的每个“trait_name”的平均值和众数，如下所示：

# create mode function
find.mode <- function(x, na.rm = TRUE) {
  
  if(na.rm){ 
    x = x[!is.na(x)]
  }
  
  val <- unique(x)
  return(val[which.max(tabulate(match(x, val)))])
}


# MEAN AND MODE OF TRAITS
## Acacia implexa 
acacia_mass <- mean(species_traits_wide$seed_dry_mass[species_traits_wide$taxon_name == "Acacia implexa"], na.rm = TRUE)
acacia_length <- mean(species_traits_wide$seed_length[species_traits_wide$taxon_name == "Acacia implexa"], na.rm = TRUE)
acacia_form <- find.mode(species_traits_wide$plant_growth_form[species_traits_wide$taxon_name == "Acacia implexa"])
acacia_dormancy <- find.mode(species_traits_wide$seed_dormancy_class[species_traits_wide$taxon_name == "Acacia implexa"])
acacia_treatment <- find.mode(species_traits_wide$seed_germination_treatment[species_traits_wide$taxon_name == "Acacia implexa"])

但是我需要自动化数据框中所有物种/我想添加的任何新物种的过程

我的数据的长版本和宽版本都可以在这里下载：https://drive.google.com/drive/folders/15hD3Zk2DlXsvWhI-WyQYMTm49ZZB0Ip0?usp=drive_link

Answer 1

library(tidyverse)

df <- read_csv("species_traits_wide.csv")
df |> summarise(across(2:6, ~ ifelse(is.numeric(.), as.character(mean(., na.rm = TRUE)),get_mode(., na.rm = TRUE))), .by = taxon_name)

输出：

# A tibble: 5 × 6
  taxon_name               plant_growth_form seed_dormancy_class seed_dry_mass  
  <chr>                    <chr>             <chr>               <chr>          
1 Acacia implexa           tree              physical_dormancy   8.967897142857…
2 Casuarina cunninghamiana tree              non_dormant         0.632023076923…
3 Eucalyptus viminalis     tree              NA                  67.32578571428…
4 Hardenbergia violacea    climber           physical_dormancy   18.04795959595…
5 Themeda triandra         tussock           NA                  4.375857352941…
# ℹ 2 more variables: seed_germination_treatment <chr>, seed_length <chr>