我遇到以下问题，当我使用下面的命令时，snakemake 似乎无法使用 --use-conda 选项解决环境的创建问题。
如果我不使用snakemake的此选项并在conda而不是snakemake创建的适当环境中启动snakefile，则命令执行是可以的。
有人遇到同样的问题吗？
谢谢，
命令：
snakemake -p -d ./ -s 00_Quality_Check.smk -j 4 --use-conda
版本：
错误信息：
Building DAG of jobs...
CreateCondaEnvironmentException:
Unable to check conda version:
environment: ligne 10: __conda_exe : commande introuvable
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 232, in create
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 343, in __new__
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 356, in __init__
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 410, in _check
版本：
错误信息：
Building DAG of jobs...
environment: ligne 10: __conda_exe : commande introuvable
Traceback (most recent call last):
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/__init__.py", line 699, in snakemake
success = workflow.execute(
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/workflow.py", line 933, in execute
dag.create_conda_envs(
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/dag.py", line 304, in create_conda_envs
env.create(dryrun)
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 281, in create
conda = Conda(self._container_img)
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 433, in __init__
shell.check_output(self._get_cmd("conda info --json"))
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/shell.py", line 63, in check_output
return sp.check_output(cmd, shell=True, executable=executable, **kwargs)
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/subprocess.py", line 424, in check_output
return run(*popenargs, stdout=PIPE, timeout=timeout, check=True,
File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/subprocess.py", line 528, in run
raise CalledProcessError(retcode, process.args,
subprocess.CalledProcessError: Command 'conda info --json' returned non-zero exit status 127.
这可能与这个长期开放的 conda 问题有关：
https://github.com/conda/conda/issues/7980
基本上，默认情况下您无法从脚本内运行 conda。
为了解决这个问题，以前，人们在 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 中的 conda 节之后（即“# <<< conda initialize <<<"):
”之后）添加了类似以下内容# Make these functions available to scripts.
export -f conda
export -f __conda_activate
export -f __add_sys_prefix_to_path
export -f __conda_hashr
但看起来 conda 最近发生了一些变化。 现在以下内容可能就足够了：
# Make these functions available to scripts.
export -f conda
export -f __conda_activate
export -f __conda_reactivate
export -f __conda_exe
如果这些都不起作用，只需使用大锤：
# Make these functions available to scripts.
export -f conda
export -f __conda_activate
export -f __conda_reactivate
export -f __add_sys_prefix_to_path
export -f __conda_hashr
export -f __conda_exe
执行上述操作有助于修复上面为同事报告的相同错误。
重要提示：您需要注销并重新登录才能正常工作。
要进行测试，请将“conda info --json”放入脚本中，然后运行该脚本。如果您看到一堵 JSON 墙，则说明您已经解决了问题。
您的 conda 环境似乎已损坏，或者您在未安装 conda 的环境中运行 Snakemake。
查看错误信息的最后一行：
subprocess.CalledProcessError: Command 'conda info --json' returned non-zero exit status 127.
这就是说，snakemake 运行了命令
conda info --jsonconda$ conda info --json
或
$ conda info
如果我是对的，您将收到
command not found我有同样的问题，并且我的环境没有损坏，当我在命令行运行 conda info -json 时，它返回 0。我尝试了上面的大锤，但没有成功。 任何人都可以解决这个问题。 最新版本更好吗？