3D nrrd图像可视化（matplotlib）？

Question

我有nrrd格式的3D图像数据，其中数组的形状为（300，256，256）（意味着我有一个256x256图像和300片图像，总计为3d图像）。从nrrd读取后的数组保存每个3D点的不透明度信息（例如imgarray[x][y][z]等于0-255之间的数字，仅用于不透明度，例如没有rgb颜色（这是有意的））。

我正在尝试使用matplotlib可视化它：

import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits import mplot3dfig = plt.figure()
ax = plt.axes(projection='3d')
ax.scatter3D(`what do I put here?`)

但是，matplotlib要求我提供x，y和z轴（加上cmap），但是我的数据不是这种格式（如果我执行imgarray[0]仍包含一个数组） 256x256不透明度信息）。

我可以通过]轻松查看3D图像的切片>

plt.imshow(imgarray[100])
plt.show()
但是，我想以3D方式观看。我该怎么办？

我有nrrd格式的3D图像数据，其中数组的形状为（300，256，256）（意味着我有一个256x256图像和300片图像，总计为3d图像）。从nrrd读取后的数组将保存...

Answer 1

Napari可以使用最大强度投影或等值面渲染大型多维数组。它带有一个GUI，可以轻松地尝试不同的显示设置。 （在撰写本文时，它仍处于alpha阶段。）