如何通过重复测量来检验两个变量之间的相关性？

Question

我想检查两个变量（植物性状）之间的相关性，但是我也有重复项。我在我的问题之前向您展示了一个示例：

  sample      plant trait.1 trait.2
sample 1  species 1       4      12
sample 2  species 1       4      12
sample 3  species 1       4      12
sample 4  species 2       5      14
sample 5  species 2       5      14
sample 6  species 2       5      14
sample 7  species 3       6      13
sample 8  species 3       6      13
sample 9  species 3       6      13

我应该检查特定值（4、5、6和12、14、13）之间还是整个变量（4、4、4、5、5、5、6、6、6和6之间的相关性， 12、12、12、14、14、14、13、13、13）？在R中使用cor.test可以吗？谢谢您的帮助！

Answer 1

这全取决于你H0。如果您认为“ trait.1”和“ trait.2”之间存在相关性，那么无论“物种”如何，那么相关性都很好。如果要使用“ Pearson's r”或“ Spearman's Roh”，则必须根据数据检查一些假设。

[如果您认为基于“物种”的“ trait.1”和“ trait.2”可能存在差异，那么您要寻找的是ANOVA，因此请查看不同物种之间是否存在均值差异。

如果您认为“ trait.1”和“ trait.2”之间存在逻辑上的因果关系，则可以使用回归。假设“ trait.1”是“ trait.2”的函数，并且您想控制“ species”。然后y =“ trait.1”，x1 =“ trait.2”和x2 =“ species”。

因此，这完全取决于您的H0和您的问题。