无法修改ggplot2中的图例属性>> [

Question

我正在尝试修改此图例的颜色，标签和折点，但是scale_xxx_yyyy选项不起作用。有什么建议吗？

我的输入是这样的：

     GENE CHR       POS        key        value      LOGP
1   A1BG  19  58862834 MAF1P-pval 0.6456014613 0.1900355
2   A1CF  10  52566602 MAF1P-pval 0.0005533904 3.2569684
3    A2M  12   9225025 MAF1P-pval 0.6912238768 0.1603813
4  A2ML1  12   8975786 MAF1P-pval 0.6855731854 0.1639462
5 A4GALT  22  43089044 MAF1P-pval 0.3471331356 0.4595039
6  A4GNT   3 137843236 MAF1P-pval 0.6070832685 0.2167517
....
31205  ZBTB12   6  31868446 CADD20-pval 0.43193898 0.36457760
31206 ZCCHC24  10  81154122 CADD20-pval 0.01495022 1.82535253
31207 ZDHHC21   9  14619044 CADD20-pval 0.79231233 0.10110358
31208 ZMYND19   9 140477032 CADD20-pval 0.89922171 0.04613322
31209  ZNF710  15  90611241 CADD20-pval 0.07090869 1.14930051
31210  ZYG11B   1  53222142 CADD20-pval 0.27036413 0.56805093

可变键被编码为因子。并且我使用代码生成了以下图：

ggplot(merge3, aes(x=POS, y=LOGP, color=Key)) + geom_point(size=0.3) + 
facet_grid(~CHR, switch="x", scales="free_x") + 
theme(axis.text.x=element_blank(),axis.ticks.x=element_blank(), panel.spacing.x=unit(0.001, "lines"), panel.grid = element_blank(), panel.border = element_blank(), strip.background=element_rect(fill="white")) + 
labs(title="stacked Manhattan MAF1P, CADD20", y="-log10(p)", x= "chromosome") + 
scale_y_continuous(limits=c(0,12), expand = c(0,0)) + 
geom_hline(yintercept=5.3, color = "red") + 
geom_hline(yintercept=3.3, color = "blue")

曼哈顿图结合两个数据集“>
现在，我尝试使用以下方式修改图例的不同方面，例如颜色，标题，标签或分隔符：

bp + scale_x_discrete(limits=c("MAF1"<="1%","CADD">="20"))
bp + scale_fill_discrete(name="Gene Sets", breaks=c("MAF <= 1%","CADD >=20"), labels=c("MAF1"<="1%","CADD">="20"))
bp + scale_fill_manual(values = c("#d8b365", "#f5f5f5"))

但是这些都不起作用，我只能通过使用以下方法来更改图例标题：
bp + labs(colour="Gene Sets") 

任何建议将不胜感激

我正在尝试修改此图例的颜色，标签和折点，但是scale_xxx_yyyy选项不起作用。有什么建议么？我的输入是这样的：GENE CHR POS key ...

Answer 1

请注意，您在代码中使用“键”，而显示的输入数据具有“键”。

首先，我们模拟一些看起来像您的数据：