[使用snakemake远程前缀时指定源文件

Question

来自文档：

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html

当前，此模式要求将Snakemake工作流程存储在git存储库中。 Snakemake使用git查询必要的源文件（Snakefile，脚本，配置等），以执行工作流并将其编码为kubernetes作业。

但是，对我来说不清楚的是如何按照所述指定源文件。 srcdir返回带有指定前缀的绝对路径。

有人可以请我指向文档的相关区域！

感谢

Answer 1

我还没有使用kubernetics和Snakemake，但是我假设使用'default'结构应该可以。您可以使用snakemake cookiecutter存储库轻松生成此结构：https://github.com/snakemake-workflows/cookiecutter-snakemake-workflow

只需确保已安装cookiecutter，就可以在命令行上运行它：

cookiecutter https://github.com/snakemake-workflows/cookiecutter-snakemake-workflow

或者，您始终可以仅查看该存储库中的文件存储位置并复制结构。