具有可绘制的树状图-如何为分层聚类设置自定义链接方法

Question

我是情节新手，需要绘制具有组平均链接的树状图。

我知道distfun中有一个create_dendrogram()参数，但我不知道要传递给该参数以获取Group Average Linkage。 distfun参数显然必须是可调用的。我应该给它传递什么功能？

作为旁注，我有一个示例的成对距离矩阵

0
13 0
2 14 0
17 1 18 0

当我传递给create_dendrogram()方法时，似乎会产生错误的结果。我在这里错了吗？

代码：

import plotly.figure_factory as ff

import numpy as np

X = np.matrix([[0,0,0,0],[13,0,0,0],[2,14,0,0],[17,1,18,0]])

names = list("0123")
fig = ff.create_dendrogram(X, orientation='left', labels=names)
fig.update_layout(width=800, height=800)
fig.show()

从字面上从我应该做的情节网站bc idk复制的代码。该网站：https://plotly.com/python/v3/dendrogram/

Answer 1

您可以使用scipy.cluster.hierarchy.linkage()选择链接方法通过scipy.cluster.hierarchy.linkage()函数中的linkagefun参数。

例如，使用create_dendrogram()：

UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) algorithm

请注意，

import plotly.figure_factory as ff
import scipy.cluster.hierarchy as sch
import numpy as np

X = np.matrix([[0,0,0,0],[13,0,0,0],[2,14,0,0],[17,1,18,0]])

names = "0123"
fig = ff.create_dendrogram(X,
                           orientation='left',
                           labels=names,
                           linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, "average"),)
fig.update_layout(width=800, height=800)
fig.show()

必须是数据样本的矩阵。