snakemake:文件 /home/usr/path/to/Snakefile 第 13 行中的规则 hifiasm 中出现 MissingOutputException

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您好,我正在编写一个非常基本的 Snakemake 文件来运行

hifiasm
;它似乎运行良好,但由于某种原因,在运行结束时我收到以下提示:

丢失文件最多等待 5 秒。缺少输出异常 文件 /home/usr/path/to/Snakefile 中的规则 hifiasm,第 13 行:作业 1 成功完成,但缺少一些输出文件。丢失的 5 秒后文件。这可能是由于文件系统延迟造成的。如果 在这种情况下,请考虑增加等待时间 --latency-wait: INLUP00233.asm(本地丢失,父目录不存在)正在关闭,这可能需要一些时间。退出是因为 作业执行失败。查看上面的错误消息完整日志: .snakemake/log/2024-08-21T144851.077767.snakemake.log 工作流程错误: 至少有一项工作没有成功完成。

这是我一直在运行的代码;有人能解释为什么会发生这种情况吗?预先感谢!

#####################################
#   SNAKEMAKE PIPELINE — assembly   #
#####################################

SAMPLES = ['INLUP00233']

rule all:
    input:
        expand("{sample}.asm", sample=SAMPLES)

rule hifiasm:
    input:
        hifi="{sample}.fastq.gz",
        hic1="{sample}_1.fq.gz",
        hic2="{sample}_2.fq.gz"

    output:
        "{sample}.asm"

    threads: 16

    shell: 
        "hifiasm -o {output} --h1 {input.hic1} --h2 {input.hic2} {input.hifi} -t {threads}"
python pipeline bioinformatics snakemake
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我不熟悉

hifiasm
,只是快速浏览了一下及其文档。如果我理解正确并且文档正确,那么您绝对不会期望创建
INLUP00233.asm
,对吗?

因为,snakemake正在寻找这个文件,等待,然后告诉你“出了点问题,你定义的输出没有创建。如果你知道创建了哪些后缀(例如“.ovlp.source.bin”),你可以调整你的规则如下

output:
    "{sample}.asm.ovlp.source.bin"

这些文件可能再次成为潜在后续规则的输入。

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