samtools：在 bash 脚本中找不到命令

Question

所以我编写了一个使用 samtools 的 bash 代码。

#!/bin/bash
# some
# code
samtools view -bS input.sam out.bam

运行此程序时，出现错误：

samtools: command not found.

但我可以在终端中正常运行 samtools 。我查看了 .

bashrc

文件，看起来 samtools 有一个别名：

alias samtools='samtools_0.1.18'

。我在代码的开头添加了这一行，在

#!/bin/bash

之后，但仍然收到相同的错误：samtools：找不到命令。 知道如何解决这个问题吗？预先感谢

交叉发布在这里：https://www.biostars.org/p/9602827/#9602830

Answer 1

脚本中不会扩展别名（除非使用

expand_aliases

设置

shopt

选项）。

定义一个函数，或使用完整的程序名称，而不是别名。

samtools () {
    samtools_0.1.18 "$@"
}