有关 DESeq2 和设置逻辑向量以选择结果文件的问题

Question

我对使用DESeq2和R语言处理测序数据非常陌生。我已成功安装 R 和 R-studio，以及所有必需的软件包。但当我按照一些教程来理解设计和对比时，我发现自己迷失了。以下是教程的链接：https://www.r-bloggers.com/2024/05/a-guide-to-designs-and-contrasts-in-deseq2/

我的具体问题是——按照说明，我得到了一个名为 res.txt 的结果文件。

res <- results(dds1, contrast = list("conditiontreatment", "conditioncontrol"))

这里我得到尺寸为(1000,6)的res

我想选择具有 p 值的基因 < 0.05 in the result file (res), so I set up the following logical vector:

significant_p <- res$pvalue < 0.05

当我尝试使用这个逻辑向量来选择res文件时，它说res中有na值，所以我通过执行以下操作删除了所有na值：

filtered_res <- na.omit(res)

现在我可以使用filtered_res上的逻辑向量来选择具有p值的基因表达< 0.05. However, the system returned the following error:

filtered_res[significant_p]

错误：下标是一个具有越界 TRUE 值的逻辑向量

但是当我将逻辑向量与 dds1 一起使用时，它就起作用了。

dds1[significant_p]

类：DESeqDataSet 暗淡：465 6 元数据(1)：版本 分析(4)：计算 mu H 厨师数 rownames(465): 基因1 基因2 ... 基因996 基因997 rowData 名称(25): trueIntercept trueBeta ... 偏差 maxCooks colnames(6): 样本1 样本2 ... 样本5 样本6 colData 名称(2): 条件 sizeFactor

我不太了解这里的数据结构。显然，我希望逻辑向量适用于 res 文件，而不是原始文件 dds1。谁能帮我解释一下吗？

非常感谢！

Answer 1

除了“R”之外，我无法在这篇文章中添加更多标签，因为我没有足够的积分。理想情况下，这篇文章至少应该有两个标签，“RNAseq”、“genesexpress”。