使用“查找”数据框来映射 R 中的值对

Question

我有一个患者就诊的数据框 df，其结构如下：

身份证	访问号码	变量	价值
34	1	高度	短
34	1	重量	结束
34	1	眼睛颜色	棕色
34	1	头发颜色	棕色
89	1	重量	正常
89	1	高度	短
89	2	高度	短
89	2	重量	结束

df <- data.frame(ID = c(34, 34, 34, 34, 89, 89, 89, 89), visit_number = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2), variable = c("height", "weight", "eye_color", "hair_color", "weight", "height", "height", "weight"), value = c("short", "over", "brown", "brown", "normal", "short", "short", "over"))

因此，对于第 1 次就诊，34 号患者的身高、体重、眼睛和头发颜色都被记录下来。 89 号患者进行了两次就诊，记录了他们的身高和体重。

我有一个映射文件，显示一对变量和值，这会产生一个新值，我想为每个相关配对提取该值：

var_1	val_1	var_2	val_2	新变量名称	新_val
高度	短	重量	正常	健康	平均
高度	短	重量	结束	健康	警告
眼睛颜色	棕色	头发颜色	棕色	肤色	单色
眼睛颜色	蓝色	头发颜色	金发女郎	肤色	对比

mapping <- data.frame( var_1= c("height", "height", "eye_color", "eye_color"), val_1 = c("short", "short", "brown", "blue"), var_2 = c("weight", "weight", "hair_color", "hair_color"), val_2 = c("normal", "over", "brown", "blonde"), new_var_name = c("health", "health", "complexion", "complexion"), new_val = c("average", "warn", "monochrome", "contrast"))

所以这个映射文件显示，如果患者身高矮且体重正常，我想创建一个设置为“平均”的健康变量。如果他们的身高很矮并且体重超过了，我希望这个健康指标是“警告”，依此类推，如后续行中的其他配对所示。

执行此操作的最佳方法是什么？我们可以假设所有配对都将包含在映射数据帧中，并且我们还可以假设数据中不会存在不完整的配对。

Answer 1

这是一种蛮力方法，如果变量很多，可能会遇到麻烦。

首先，我扩展数据，以便每一行都与同一患者就诊中的所有其他行匹配。如果有很多变量，情况可能会变得很大。然后将这些配对与映射表进行匹配，其中仅输出标记的配对。

library(dplyr)
df |>
  inner_join(df, join_by(ID, visit_number), relationship = "many-to-many") |>
  inner_join(mapping, join_by(variable.x == `var_1`, value.x == `val_1`,
                             variable.y == `var_2`, value.y == `val_2`)) 

结果

  ID visit_number variable.x value.x variable.y value.y new_var_name    new_val
1 34            1     height   short     weight    over       health       warn
2 34            1  eye_color   brown hair_color   brown   complexion monochrome
3 89            1     height   short     weight  normal       health    average
4 89            2     height   short     weight    over       health       warn