获取FactoMineR包中定量和定性变量的相关表[已关闭]

Question

使用 FactoMineR 包，我对生物数据集执行 PCA，其中每列是一个基因 (n = 15)，行是不同的样本。有许多分类变量列（第 16 至 20 列，例如对照/治疗和癌症/非癌症），我将其作为定性补充。

res.pca = FactoMineR::PCA(dataset, scale.unit=TRUE,
                          ncp=6,
                          quali.sup= c(16:20),
                          graph=FALSE)

1. 我想知道获得定量和定性变量与 PCA 维度之间相关性的不同方法（例如，res.pca$quali.sup$eta2），
2. 我想知道 FactoMineR 如何计算这些相关性，
3. 对相关性解释的简要解释。例如，这是 :
之后的输出

Answer 1

p41 上的包 vingette 将

eta2

标识为相关系数。

相关系数基于底层相关矩阵。

确切的方法应该在包作者提供的参考范围内。 生成特征值和特征向量的方法通常包不同，但矩阵代数通常是相同的。

Husson, F.、Le, S. 和 Pages, J. (2010)。使用 R 进行探索性多变量分析， 查普曼和霍尔。

Answer 2

计算样本坐标（FactoMineR 术语中的个体）和分类变量表示为数字因子水平之间的相关性（平方）。