R如何可视化成对对齐

Question

如何可视化两个序列的完全对齐？

library(Biostrings)
s1 <-DNAString("ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAG")
s2 <-DNAString("GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC")
pairwiseAlignment(s1,s2)

输出：

Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 1)
pattern: [1] ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC---...CTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG 
subject: [1] GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTA...TATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC 
score: -394.7115 

这里只显示了一部分对齐？您知道绘制或打印路线的任何现有功能吗？

Answer 1

您可以在?pairwiseAlignments下找到有关如何提取对齐模式和主题序列的信息和详细信息。

以下是基于您提供的示例数据的示例：

1. 将成对对齐存储在PairwiseAlignmentsSingleSubject对象中 alg <- pairwiseAlignment(s1,s2)
2. 提取对齐的图案和主题序列，并将它们合并到DNAStringSet对象中。 seq <- c(alignedPattern(alg), alignedSubject(alg))
3. 您可以使用as.character访问完整序列

   as.character(seq)
   [1] "ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC--------TTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATC---AAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG"
   [2] "GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAA-ATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC"

   似乎alignedPattern和alignedSubject最近被添加到Biostrings。或者你可以做 seq <- c(aligned(pattern(alg)), aligned(subject(alg))) 但请注意，这将修剪全局对齐的序列（请参阅details）。
4. 有一个很好的R / Bioconductor包DECIPHER，它提供了一种在Web浏览器中可视化XStringSet数据的方法。它会在底部自动添加颜色编码和共识序列。在你的情况下，你会这样做

   library(DECIPHER)
   BrowseSeqs(seq)