如何从survfit函数中获取概率数据？

Question

我根据

survival::survfit()

函数的数据绘制累积发生率曲线。在这个小插图之后，我做了如下的事情：

library(survival)
mgus2$etime <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, futime, ptime))
event <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, 2*death, 1))
mgus2$event <- factor(event, 0:2, labels=c("censor", "pcm", "death"))
mfit2 <- survfit(Surv(etime, event) ~ sex, data=mgus2)
plot(mfit2)

数据有两个可能的事件（pcm 和死亡），包含的协变量性别有两个水平（男性和女性）。因此，正如预期的那样，结果图描绘了四条线的概率（我省略了标签，因为它们在这里并不重要）。

但是如何提取这些数据呢？我查看了

mfit2

内部的各个地方，但找不到创建绘图所需的数据。 x 轴有

mfit2$time

，但

mfit2$pstate

不包括所有四种概率（pcm 女性、pcm 男性、死亡女性和死亡男性）。

mfit2

中那些概率隐藏在哪里？

我找到了this答案，它建议了一些解决方法来获取数据。我发现解决方法有效，这不是问题。

mfit2

内的绘图数据在哪里？它一定在某个地方，因为

plot(mfit2)

返回了我们期望的情节。

Answer 1

您正在寻找

$pstate

，其中包含两个级别 sex 的

串联

概率（女性是第一级）。

levels(mgus$sex)
#[1] "female" "male" 

mfit2$pstate

（和

mfits$time

）的长度是454，前227对应于女性的概率。

plot(mfit2)
lines(mfit2$time[1:227], mfit2$pstate[1:227, 2], type="s", col="red")
lines(mfit2$time[228:454], mfit2$pstate[228:454, 2], type="s", col="red")
lines(mfit2$time[1:227], mfit2$pstate[1:227, 3], type="s", col="green")
lines(mfit2$time[228:454], mfit2$pstate[228:454, 3], type="s", col="green")