slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

SLURM+Docker：如何使用 SLURM scancel 终止 docker 创建的进程

我们目前已经搭建了一个GPU计算集群，使用SLURM作为资源管理器。由于这是一个用于深度学习的集群，我们通过使用 nvidia-docker 镜像来管理依赖关系，以方便不同的

docker deep-learning cluster-computing slurm nvidia-docker

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如何使用 Julia 检查我的代码是否在 SLURM 环境中运行？

我想在Julia中回答这个问题。我试图知道是否有包含 SLURM 的环境变量：朱莉娅> sum([occurrsin("SLURM",ENV[k]) 对于键中的 k(ENV)]) 0 但是是

environment-variables julia slurm

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如何包含./porebalzer < input.dat command in slurm file?

我正在分析我的系统的孔径。计算的输入参数位于 input.dat 中，计算需要 porebalzer.exe 文件。我想执行 ./porebalzer < in...

slurm sbatch

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对 SLURM 作业进行排队以在彼此之后运行 X 分钟

我一直在尝试寻找如何使用以下选项来实现作业依赖项的示例，-d，--dependency=。在文档中，语法显示为...

slurm

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如何让优先级更高的 Slurm 作业通过，同时不在任务之间共享单独的 CPU？

我的 IT 部门善意地为我设置了一个带有 Slurm 的 Linux 虚拟机，我正在学习命令。我稍微改变了数字，但假设有 2 个节点，每个节点有 5 个核心/CPU（我认为它们是相同的......

concurrency slurm hpc stress

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与 SLURM 并行运行一个具有不同参数的程序

我有一个不支持多线程的程序。我想用不同的参数并行运行它多次。因为我有 1000 个可用的 CPU，所以我希望它在不同的节点上运行...

bash slurm hpc

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GNU Parallel 不将字符串传递给 MATLAB

我正在尝试使用 GNU 并行在我们使用 SLURM 的超级计算机上使用 MATLAB 运行一组实验。我有一个文本文件，其中包含 4 个读入并传递的参数的组合...

bash matlab slurm gnu-parallel

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enroot如何在多节点情况下共享图片缓存和数据？

目前，我有多个GPU节点并通过slurm池化它们。 Enroot.conf采用默认配置。此时enroot拉取的镜像只能缓存在同一个节点上。当你...

slurm

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在srun中运行模块命令

我遇到了与无法从 srun 中访问“模块”命令相同的问题。 SLURM“srun module load”命令退出并出现错误那里的答案解释说，si...

slurm hpc s

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在SLURM中，lscpu和slurmd -c不匹配。所以资源无法使用

当我检查代码“lscpu”时，它显示架构：x86_64 CPU 操作模式：32 位、64 位地址大小：45 位物理地址，48 位虚拟地址字节...

slurm

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SLURM slurmschd.log - 极大的文件大小

SLURM 日志文件之一是 slurmschd.log，在我的例子中，其大小约为数百 GB。有没有办法清洁它并减少其尺寸 - 而不破坏浆液？如果我以某种方式去清理......

logging slurm

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munge/slurm 身份验证问题（协议身份验证错误）

我有一个由 1 个网格和 6 个计算节点组成的 slurm 集群。 5 个节点已启动，1 个节点已关闭。它的 slurmd 状态正在谈论 munge auth 错误，然后我重新启动，它们就消失了，但随后...

authentication cluster-computing slurm hpc munge

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Blobtool 教程中的“wget”命令问题

我跟进了一个基于2.获取nt数据库的教程（https://blobtoolkit.genomehubs.org/install/）第一步 1.mkdir -p nt （我已经完成了那部分）第二步2. wget“ftp...

bioinformatics slurm

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分离 --pty 交互式 Slurm 作业，以便在重新启动后可以重新连接

我希望分离 srun --pty ... Slurm 作业，这样当我关闭用于连接 SSH 会话的终端并关闭我的电脑时，我仍然可以稍后使用 sattach --pty JOBID 重新连接。怎么...

slurm detach interactive-shell

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SLURM 批处理作业 - 如何在每个节点上运行一次准备任务，以便从同一批处理文件接收作业？

我无法找到有关在节点上运行准备任务的任何相关信息，我希望这是一个足够常见的问题，这意味着不应该尝试创建一些自定义解决方法来

arrays prepared-statement slurm sbatch

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在 Slurm HPC 上安装并运行容器

我在 ubuntu 上有一个 HPC slurm，我想安装 docker 或 docker rootles。但我在官方网站上找不到任何内容，那么我如何在 slurm 集群上安装 docker 并运行容器，或者如果...

docker ubuntu cluster-computing slurm hpc

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Snakemake 在 Slurm 集群上运行时反复尝试下载 Zenodo 存储，在本地工作正常

在 Slurm 集群上使用 Snakemake 8.11.6（通过 Slurm 执行器插件），我尝试基于以下输入进行构建：输入正在克隆的 Git 存储库，两个不同的 tar.gz 文件重试...

slurm snakemake zenodo

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“重新加入”bash SLURM 工作

目前，我可以使用 srun [各种设置] bash 在计算笔记上创建 shell。但是，如果我的 ssh 由于某种原因断开连接并且我想重新访问 shell，我该怎么做？

slurm

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munge/slurm 身份验证问题（协议身份验证错误）

authentication cluster-computing slurm hpc munge

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NameError：运行snakemake时未定义名称“snakemake”

我有一个示例脚本定义为： #!/usr/bin/env python def 测试（路径）：打印（路径）测试(snakemake.input[0]) config.yml 如下：执行者： slurm 职位：100 样本：“config/samples.csv&q...

python slurm snakemake

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